Octavio Mondragón-Palomino

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Octavio Mondragón-Palomino

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3D成像技术监测肠粘膜菌群空间结构

这是发表在PNAS上的一份工作，作者通过改良组织清除和保存的技术，结合16S rRNA测序、荧光原位杂交、光谱成像等技术，实现了对肠道样本特别是肠道菌群的三维空间成像定量观测。有趣的是，他们发现盲肠隐窝中的肠道菌群存在着独特的空间分布和一定的菌群稳定性。使用环丙沙星耗竭菌群后再撤掉抗生素，隐窝菌群可恢复到未接触抗生素的水平，但Muribaculaceae菌科无法恢复，同时菌群结构相似的隐窝空间距离更近，在其外围由无细菌定植的隐窝包围，产生了对抗生素耗竭Muribaculaceae的独特抗性。此外，尽管A. muciniphila以粘蛋白代谢能力而著称，但在数百个隐窝中作者也仅观察到一个有A. muciniphila定植的隐窝。

菌群成像