R Paul Ross

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文章数：11篇

Cell子刊：全病毒组分析揭示IBD肠道病毒组中的“暗物质”

Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，对公开数据库中的病毒组序列进行重新分析，鉴定出了IBD患者的肠道病毒组的特异性变化，并发现肠道病毒组的变化反映了肠道细菌的变化。

IBD Virome Phageome INFLAMMATORY BOWEL DISEASE IBD

肠道病毒组

Cell子刊：稳定、个体化的人类肠道病毒组

人类的肠道中含有大量的病毒，其中绝大部分是噬菌体。在人肠道微生物组的研究中，关于病毒组的研究还比较缺乏。Cell Host and Microbe发表的一项研究，开发了基于宏基因组学的方法工具，能更为深入全面的分析人类肠道病毒组。该研究通过纵向队列分析表明，人肠道病毒组是稳定且高度个体化的，且每个人都存在“持久稳定的个体病毒组”（PPV），由靶向主要肠道细菌类群的烈性噬菌体组成。这些发现为进一步深入研究人类肠道病毒组打下了基础。

肠道病毒组 Bacteriophages human microbiome Virome Phageome

母婴菌群传递

母亲的菌群如何传递给后代（综述）

母婴间的菌群垂直传递，是婴儿建立共生菌群的重要一环，Trends in Microbiology近期发表特别综述，围绕这一话题展开，讨论了该过程中涉及到的母体菌群变化、婴儿菌群的建立和发育、影响菌群垂直传递的因素等，值得关注。

母婴菌群传递 maternal microbiota infant microbiota vertical microbiota transmission 母体菌群

Nature子刊：围产期因素对婴幼儿菌群的影响长达4年

人体肠道菌群的建立受多种因素影响。《Nature Communications》近期发表研究，发现出生后4年肠道菌群处于不断变化的过程，出生方式以及出生时胎龄对早期肠道菌群建立具有重要影响，该影响可以持续到4岁。该结果对于研究人体肠道菌群建立机制以及影响因素有参考价值。

菌群建立围产期因素早期菌群变化

病毒组分析，选对软件很关键

迄今为止最完整的病毒组组装软件评测，包含了16个宏基因组组装软件（方法），结果表明SPAdes一致性表现最好。

病毒组 Assembly Bacteriophage Benchmark Comparison

肠道噬菌体

Nature子刊：人体肠道中的一类常见噬菌体——ΦCrAss001

Nature Communications上发表的一项最新研究，从人粪便中分离出了一种可感染拟杆菌目细菌的噬菌体——ΦCrAss001，并对其基因组大小、基因组结构、病毒形态、复制方式等进行了细致分析。

肠道噬菌体

肠道病毒组

Cell子刊：揭秘人肠道中最多的病毒——crAss样噬菌体

crAss噬菌体是人体肠道中最多的病毒，但相关基因组数据并不丰富。本研究通过组装粪便病毒组/噬菌体组数据，很大程度上填补了基因组数据匮乏的空缺，证明了crAss噬菌体在人体肠道中的丰富性和多样性，并且通过离体培养观察到了病毒结构。本研究对探索crAss噬菌体与肠道菌群的互作，以及对人体健康的影响具有借鉴作用。

肠道病毒组 crAss样噬菌体噬菌体结构人粪便

ω-3多不饱和脂肪酸

母亲的脂肪酸状态或能影响后代肠道菌群和代谢

西式饮食影响人体的脂肪酸组成，使ω-6/ω-3比值失衡。Microbiome近期发表一项小鼠研究，表明孕期和哺乳期母体的脂肪酸状态，可对后代的肠道菌群和代谢情况产生深远影响。该研究指出，脂肪酸对肥胖和代谢的影响，或与饮食补充的关联较小，而与身体组织器官中的脂肪酸谱的关联更紧密。

ω-3多不饱和脂肪酸后代肠道菌群肥胖代谢母亲饮食

细菌素或为生物被膜克星（综述）

本文总结了以羊毛硫抗生素为代表的细菌素用于防御和清除生物被膜的相关研究，指出细菌素与其他抗生素具有良好的协同抗菌作用，联用后具有高效、经济的优点，并可以一定程度规避抗生素耐药性的形成，拥有客观的运用潜力。作者同时也总结了目前细菌素运用的局限性，以及相关领域的瓶颈和发展方向，值得专业人士参考。

细菌素生物被膜

可重复的提取分析人粪便噬菌体组的实验流程

Microbiome上发表的一项最新研究，开发了一套提取人粪便中的病毒核酸，并分析噬菌体组的可重复性实验流程，简单易行且成本较低，可作为对粪便总DNA测序分析的补充。

实验方法噬菌体组 Bacteriophage human gut microbiome metagenomics

功能基因组学

对213株乳杆菌及其相关菌属进行比较基因组学研究扩展乳酸杆菌的生物应用潜力

① 乳酸菌的代谢多样性、种属不明确、与其他重要的乳酸菌之间关系的不确定性，使得开发利用乳酸菌变得复杂，且乳酸菌催化的生物转化能力尚未开发；② 发布213株乳杆菌及其相关菌属的基因组序列，发现73个核心基因，描述修饰碳水化合物和蛋白质的编码基因目录；③ 乳酸杆菌有广泛且多样性的新CRISPR-Cas免疫系统，可用于基因编辑；④ 揭示乳酸杆菌在自然和工业环境的宿主相互作用因子和细菌素的系统基因组学分布，及工艺过程中承受压力的机制。

功能基因组学乳杆菌