首页
热心肠日报
文献库
产业库
榜单
关于日报
《肠·道》演讲
往期精彩
《肠·道》2024
《肠·道》2023
《肠·道》2022
《肠·道》2021
《肠·道》2020
《肠·道》2019
《肠·道》2018
《肠·道》2017
关于《肠·道》
肠道大会
热心肠大会
热心肠智库
智库专家
专家动态
智库新闻
关于智库
奖学金
年度人物奖
更多
HOPE
会议信息
科学与艺术
学术专刊
R·AI
周刊
热心肠先生
研究院动态
关于我们
搜索
登录
关闭
手机邮箱登录
扫码登录
微信扫描二维码快捷登录
验证成功,将在
3
秒钟后跳转
已超时,请
重试
关闭
二维码登录
手机登录
邮箱登录
+86
+1
+852
+886
+81
+65
+61
+44
获取验证码
登录 / 注册
关闭
二维码登录
手机登录
邮箱登录
获取验证码
登录 / 注册
Dmitry Antipov
文章数:3篇
人体肠道噬菌体
肠道元基因组分析发现数千种新噬菌体
Microbiome近期发表的文章,通过对整个人类肠道宏基因组中发现的噬菌体基因组的分析,至少确定了三个新的尾病毒目候选家族,并揭示了人类肠道中噬菌体-宿主相互作用的各种假定机制。这些发现还扩展了噬菌体基因的功能,特别是脂质生物合成途径、过氧化氢酶类、HipA家族蛋白激酶和与防御相关的高变基因。这些发现将有助于人类肠道病毒组的分类和功能特征研究。
人体肠道噬菌体
病毒组
crAss样噬菌体
Nature子刊:肠道crAss样噬菌体具有独特的基因组特征
crAss样噬菌体是人肠道中丰度最高的病毒,能感染拟杆菌门细菌。Nature Communications发表的文章,从人类肠道宏基因组中鉴定了近600种crAss样噬菌体的基因组,一些crass样噬菌体具有独特的基因组特征,如DNA聚合酶在A和B家族之间频繁的交换,晚期噬菌体基因中替代遗传密码的广泛利用,以及高密度的自剪接内含子和内含肽。对crass样噬菌体的系统基因组研究不仅增加了我们对人类肠道病毒的认识,而且揭示了噬菌体生物学有趣且鲜为人知的一面。
crAss样噬菌体
crAss样噬菌体基因组
人体肠道噬菌体
宏基因组
metaplasmidSPAdes:宏基因组数据组装质粒神器
SPAdes系列组装软件一直是现象级的存在,保持着最高的组装长度。虽然2012年仅发表于影响因子仅有1分的Journal of Computational Biology杂志,但是金子终会发光,截止19年5月Google学术统计引用5600多次。团队之后开发了SPAdes系列软件,针对具体的应用场景,如针对二倍体高多态性基因组组装的dipSPAdes(15年Journal of Computational Biology),标签序列组装长序列的TruSPAdes(16年Nature Methods),基因组中质粒组装的plasmidSPAdes(16年Bioinformatics),宏基因组组装的metaSPAdes(17年Genome Research),以及本篇针对宏基因组质粒组装的metaplasmidSPAdes。本文为深入研究宏基因组数据和大规模挖掘质粒开创了新方法,将迎来宏基因组领域质粒组装和挖掘的热潮,估计如果真的效果不错会成为宏基因组分析的标配。
宏基因组
Chun-Yuan Chang
Jianming Wang
Yuhan Zhao
Zhaohui Feng