Tanja Woyke

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Tanja Woyke

文章数：9篇

Nature：宏基因组学解析巨病毒的多样性及与宿主的相互作用

巨病毒（Giant virus），属于核质大DNA病毒（nucleocytoplasmic large DNA viruses, NCLDVs），基因组可以达到几个兆碱基大小，病毒体甚至比小细胞生物体尺寸类似甚至更大。这些病毒能够广泛地感染从原生生物到动物等一系列真核生物。但是目前关于巨病毒的了解还仅限于与原生生物和藻类共生的病毒分离株。发表在《Nature》上的一项研究，基于目前公开的众多宏基因组数据，重建了2000多种NCLDV基因组，并分析了其分布模式、代谢特点及与宿主的相互作用。该研究为未来巨病毒的研究提供坚实的基础理论和广泛的资源，为巨病毒多样性以及其与宿主的相互作用提供了更为全面的分析和见解。

病毒鉴定核质大DNA病毒宏基因组水平基因转移代谢重编程

土壤微生物

Nature子刊：发现土壤中大量未知的巨病毒

《Nature Communications》上发表的一项最新研究，通过对土壤样本进行的宏基因组分析，鉴定出了多种潜在的新型巨病毒。该研究对于研究土壤微生物菌群具有重要参考价值。

土壤微生物巨病毒 Wen Xie Pengfei Xu

Cell子刊：运用组学方法揭示植物共生菌群功能（综述）

植物-菌群互作对植物的生长具有重要影响，而阐释共生菌群的基因功能对研究植物-菌群互作非常重要。本综述回顾了研究共生菌群功能的多组学方法，比较了各种组学方法在阐释共生菌群基因功能上的优缺点，并总结了目前已发现植物共生菌群功能。本文对研究植物-菌群互作，并以此开发促进作物生长的新手段具有参考价值。

植物菌群 gene function genomics metabolomics Omics

生物信息学

IMG/M 5.0：下一代的基因组数据库

说起基因序列数据库“三巨头”，大多数研究人员都耳熟能详，它们分别是GenBank/EBI/DDBJ。这些数据库在设计之初考虑了存储的需求，而在分析和数据挖掘上的功能设计则比较欠缺。IMG/M 作为新一代基因组数据库的代表，不仅完整收录现有数据库的内容，还提供了更完善的注释和丰富的分析工具。

生物信息学生物信息学工具基因组数据库 IMG/M 宏基因组

Nature子刊：瘤胃细菌/古菌基因组再添410个

瘤胃菌群对反刍类家畜的生长有重要作用，Hungate1000项目启动于2012年，收集了来自20多个国家、多种动物的瘤胃微生物培养物，已完成410个细菌和古菌的基因组测序、组装和注释，成果在Nature Biotechnology[IF：41.667]发表，对瘤胃菌群研究的重要意义无需多言。

瘤胃菌群 Computational biology and bioinformatics Ecology Genome microbial ecology

细菌基因组

Nature子刊：微生物如何适应植物的？

是什么使病原和共生菌都能与真核宿主保持密切联系呢? Nature Genetics于发表了美国北卡教堂山的Jeffery L. Dangl团队领衔，美国能源部JGI研究所的Tanja Woyke和Susannah G. Tringe共同通讯的文章"Genomic features of bacterial adaptation to plants"，揭示了微生物是如何在与植物的共生、竞争、致病中与植物基因组共进化的历史。同期还配发了Ryan A. Melnyk和Cara H. Haney两位大佬的news & views对文章的导读和重要性评价。重镑成果，值得细读。

细菌基因组植物宏基因组基因家族同源序列

亚硝酸盐氧化细菌

Science：亚硝酸盐氧化细菌在深海碳固定中的作用

这是近期Science杂志发表的海洋微生物研究，明确了亚硝酸盐氧化细菌在深海碳固定中的主要作用。值得专业人士特别关注。

亚硝酸盐氧化细菌 16S rRNA Maria H Saarela Maria H Saarela

参考基因组

Nature子刊：迄今为止最大规模细菌及古细菌参考基因组数据

Nature Biotechnology[IF：41.667]在本月发布的迄今为止最大规模细菌及古细菌参考基因组数据，这是菌群数据库的一个重大进展，必须值得关注。

参考基因组

微生物生态学

ISME：原位捕捉生态环境中的活性微生物（综述）

① 核酸测序可补足微生物生态学研究的数据容量，以捕获微生物多样性和大环境的动态变化；② 区别活性、无活性和死亡的微生物细胞非常重要，实验设计应能敏感地捕捉群落的复杂性和活性的变化，以及加工速度的时空规模；③ 原位微生物活性的新发现，依赖于特异性地捕获环境中的活性微生物的技术；④ 本综述介绍了目前使用的活性为基础的方法，包括可与核酸测序联用的单细胞技术，评估其在生态学研究中的优势，讨论将来的方向。

微生物生态学核酸测序单细胞技术