陈卫华+赵兴明等：用于识别和校正宏基因组数据装配错误工具

陈卫华+赵兴明等：用于识别和校正宏基因组数据装配错误工具—metaMIC

热心肠小伙伴们 2022-11-24

近日，复旦大学类脑智能科学与技术研究院Luis Pedro Coelho、赵兴明、华中科技大学陈卫华及团队在Genome Biology发表最新研究，开发了一种基于机器学习，用于全自动识别和纠正宏基因组数据中装配错误的工具metaMIC（https://github.com/ZhaoXM-Lab/metaMIC），通过模拟和真实数据集验证，发现metaMIC的性能良好可为下游分箱提供可靠基础，值得测试。

构建可靠的宏基因组组装基因组（MAGs）对于理解微生物群落、分类注释和代谢过程重建具有重要意义，因此降低数据组装contigs错误率对于后续分析至关重要。近日，复旦大学类脑智能科学与技术研究院路易斯·佩德罗·科埃略（Luis Pedro Coelho）、赵兴明、华中科技大学陈卫华及团队在Genome Biology发表最新研究，开发了一种基于机器学习，用于全自动识别和纠正宏基因组数据中装配错误的工具metaMIC（https://github.com/ZhaoXM-Lab/metaMIC），通过模拟和真实数据集验证，发现metaMIC的性能良好可为下游分箱提供可靠基础，值得测试。

专家简介

陈卫华

华中科技大学生命科学与技术学院教授、博士生导师

陈卫华，教授、博士生导师；海外引进高层次人才。研究主要方向是肠道菌群精细调控与人体健康。通过实验与生物信息学分析相结合，发现肠道和肿瘤部位微生态异常与疾病的关联；利用噬菌体或小分子物质对特定肠道细菌精准调控，以达到改善微生态、改善和治疗疾病之目的。截止2021年9月，以主要作者（通讯或第一）身份在Science、Cell Metabolism、Nature Communications、Molecular Systems Biology、Nucleic Acids Research等杂志发表文章60多篇。他引4100多次，H-因子28。

了解更多

相关推荐

张明智+陈卫华+李兆明：肠道菌群可作为NK/T细胞淋巴瘤的诊断和预后标志物

郑州大学第一附属医院张明智、李兆明及华中科技大学陈卫华团队近日在Gut发表最新文章，建立了用于NK/T细胞淋巴瘤诊断和预后的肠道菌群标志物模型，支持肠道菌群成为NK/T细胞淋巴瘤的有效无创辅助诊断工具。

2022-11-11

刘庆友+陈卫华+滑国华Nature子刊：构建水牛肠道微生物基因组目录

广西大学刘庆友、华中科技大学陈卫华和华中农业大学滑国华及团队在Nature Communications上发表文章，在国际上首次提供了完整的水牛肠道微生物基因组目录。该成果为水牛肠道菌群相关研究以及分析肠道菌群对水牛粗纤维消化率、产奶性状、生长速度等经济性状的影响提供了重要的数据基础和挖掘蓝图。

2022-02-19

陈卫华+赵兴明+赫丽杰：实现疾病标志物识别和跨数据集比较的人类肠道菌群数据库GMrepo v2

GMrepo 是一个精心设计和一致注释的人类肠道宏基因组数据库，其主要目的是提高人类肠道宏基因组数据的可重用性和可访问性，并实现跨项目和表型比较。华中科技大学陈卫华、复旦大学赵兴明、中国医科大学人民医院赫丽杰作为共同通讯作者，在Nucleic Acids Research发表文章，介绍了 GMrepo 的更新版本GMrepo v2，在这个新版本中，作者收集了更多的项目、运行/样本和表型。

2021-12-04