诸奇赟+黄适:OGU一种不依赖分类学的宏基因组分析方法
热心肠小伙伴们 2022-04-14
亚利桑那州立大学的诸奇赟和香港大学的黄适作为共同第一作者,与加州大学圣地亚哥分校的Rob Knight团队合作在mSystems上发表文章,开发了一种新的宏基因组分析策略—操作基因组单位(OGU),OGU法不依赖于分类学,直接利用序列比对鉴定到的单个参考基因组作为评估微生物群落多样性的最小单位。

与16S rRNA基因扩增子测序相比,宏基因组学是一种强大的但在计算上具有挑战性的技术,可用于解析微生物群落组成和结构。目前,对于宏基因组数据的分析主要基于分类学,但在特征解析方面存在一定的局限性。亚利桑那州立大学的诸奇赟和香港大学的黄适作为共同第一作者,与加州大学圣地亚哥分校的Rob Knight团队合作在mSystems上发表文章Phylogeny-Aware Analysis of Metagenome Community Ecology Based on Matched Reference Genomes while Bypassing Taxonomy,开发了一种新的宏基因组分析策略—操作基因组单位(OGU),OGU法不依赖于分类学,直接利用序列比对鉴定到的单个参考基因组作为评估微生物群落多样性的最小单位。Woltka(https://github.com/qiyunzhu/woltka)是实现该方法的生物信息学工具,已集成在QIIME2软件包和Qiita平台中,未来,将促进宏基因组学研究中广泛采用OGU方法。

专家简介
黄适
香港大学牙学院长聘教轨助理教授  
黄适,近年来作为(共同)第一或通讯作者在Nature Methods,Cell Host Microbe,Microbiome,Genome Biology,ISMEJ,mSystems,Gut Microbes,mBio等国际知名学术期刊发表论文12篇,共计论文超30篇。申请发明专利7项,其中授权国际专利2项、国内专利2项。主持和参加包括国家青年自然基金等多项基金项目。
了解更多
相关推荐
郑心+黄适等:肠道菌群可介导肺腺癌治疗疗效
哈佛医学院Zheng Sun、青岛市中医特色卫生院郑心、香港大学黄适与团队发表研究,对携带PC-9肿瘤的小鼠进行不同治疗的肠道菌群变化纵向研究。
2024-02-26
翟齐啸+张家超+黄适Cell子刊:益生菌如何改善便秘?锁定菌株特异性背后的关键遗传因子
江南大学陈卫院士翟齐啸教授团队、海南大学张家超教授团队和香港大学黄适教授团队合作,在Cell Host and Microbe发表重要研究,鉴定出影响长双歧杆菌对功能性便秘疗效的关键细菌遗传因子——abfA基因簇,并结合体外实验、多种小鼠模型、队列分析和临床试验等多种方法,对相关发现进行了系统性验证,揭示了其背后的潜在机制,表明益生菌和菌群中的特定遗传因子可在决定菌群功能和宿主表型上发挥关键作用。
2023-11-22
张家超+黄适:基于多队列人群肠菌的SNV或可用于评估肠道健康状态?(荟萃分析)
近日,海南大学张家超、香港大学黄适及团队在mSystems发表最新研究,通过荟萃分析描述了多个人类队列中不同健康状态下肠道微生物的普遍进化模式。发现微生物遗传变化可先于与宿主生理变化相关的生态变化,从而为疾病预测建模提供一个新的宏基因组数据信息层。此外,发现SCFAs产生的一些遗传生物标志物可以覆盖荟萃分析中涉及的大多数慢性疾病,值得关注。
2023-11-10
评论
热门分类