一只豆豆菌

最近研究发现微生物形成的短链脂肪酸以及其他发酵代谢物不仅充当细菌交叉喂养的底物和微生物与宿主相互作用的介质，而且还具有抗菌活性，但这种活性的研究要少得多。近日，奥尔胡斯大学研究人员在Gut Microbes发表最新研究，通过多种方法在3个时间点分析了69对母婴的婴儿粪便菌群组成、代谢物组成和母乳成分，确定了母乳喂养依赖性的肠道菌群和代谢物谱，还表明母乳寡糖衍生的发酵代谢物可能会对特定的肠道微生物产生抑制作用，值得关注。

母乳喂养生命早期研究论文基础研究代谢物

衰老

Cell：大脑白质区是衰老加速的罪魁祸首

衰老是导致认知障碍和神经退行性疾病的关键风险因素，但是究竟衰老诱导不同类型神经退行性疾病发生的机制，以及作用的位点并不清楚。近期一篇发表在Cell上的研究论文，通过对不同年龄以及进行衰老干预的小鼠大脑进行了时空转录组研究，鉴定了全脑中与胶质细胞衰老相关的特征基因，并发现相较于皮质区，白质区的胶质细胞衰老速度更为快速，抗衰老干预对不同脑区的影响具有显著差异。进而研究发现不同神经退行性疾病表征为不同基因表达变化特征。这些结果为神经退行性疾病的临床干预提供了重要的依据和线索。

衰老神经退行性疾病脑区白质区小胶质细胞

微生物组数据分析

刘永鑫+袁军等：如何用好R进行微生物组分析？（综述）

如何从众多R包中选择合适、高效、便捷、易学的工具，是微生物组研究者面临的难题。中国农科院刘永鑫、南京工业大学袁军与团队在Protein & Cell 2023肠道大会微生物组专刊中发表综述文章，系统地梳理了R包在微生物组研究中的应用，为今后开发更好的微生物组工具提供了重要的理论基础和实践参考。本文干货很多，推荐专业人士学习参考。

微生物组数据分析 R包宏基因组可视化

地中海饮食

利用营养生物标志物评分评估地中海饮食依从性

在队列研究中，自我报告的地中海饮食依从性与较低的2型糖尿病风险相关，但由于这种关联基于主观评价，需结合营养生物标志物以客观评估。PLoS Medicine上发表的一项最新研究，在MedLey随机对照试验中，开发了一种可评估地中海饮食依从性的营养生物标志物评分，并在EPIC-InterAct病例-队列研究中进行了验证，且营养生物标志物评分与2型糖尿病风险呈负相关。

地中海饮食研究论文随机对照试验病例-对照研究 2型糖尿病

复发性艰难梭菌感染

粪菌移植治疗UC患者的复发性艰难梭菌感染

艰难梭菌感染是医疗保健系统面临的极大挑战，炎症性肠病包括溃疡性结肠炎和克罗恩病，是原发性和复发性艰难梭菌感染的危险因素。Journal of Autoimmunity最新发表的回顾性临床研究中，总结了复发性艰难梭菌感染的溃疡性结肠炎患者接收粪菌移植治疗的效果。数据表明，粪菌移植可有效改善溃疡性结肠炎患者的复发性艰难梭菌感染，并且未出现不良事件。

复发性艰难梭菌感染粪菌移植溃疡性结肠炎（UC）

唾液酸

付云贺+张乃生等：唾液酸可加剧与肠道菌群失调相关的乳腺炎

吉林大学张乃生教授、付云贺教授和胡晓宇副教授团队在Microbiome上发表乳腺炎最新研究成果，他们前期大量研究已揭示肠道菌群紊乱可促进小鼠乳腺炎发生。乳腺炎是人类和动物最严重的疾病之一，由高谷物饮食和低膳食纤维引起的亚急性瘤胃酸中毒（SARA）引起的菌群紊乱与乳腺炎的发生和发展有关，然而，其潜在机制仍然未知。本篇工作发现SARA相关性乳腺炎的奶牛瘤胃中的代谢组学发生变化，尤其是唾液酸水平显著升高。随后，基于小鼠模型，明确唾液酸加剧肠道菌群紊乱而引起的乳腺炎，表明菌群-肠道-乳腺轴在乳腺炎发病机制中的重要作用，并提出了一种基于肠道代谢调节乳腺炎的潜在干预策略。

唾液酸乳腺炎研究论文基础研究肠道菌群紊乱

宿主微生物群落

Cell子刊：宿主中微生物间的水平基因转移（综述）

水平基因转移广泛存在于宿主微生物群落中，是促进细菌多样性的重要进化力量。宿主的微生物群落的微生物密度高，移动元素频繁，因此基因交换也是抗生素耐药性迅速传播的关键因素。近期一篇发表在Cell子刊，Cell Host and Microbe的一篇综述详细回顾了近年来宿主微生物群落水平基因转移的相关研究进展，综述了涉及细菌及其移动元件的相互作用网络的生态复杂性，以及宿主生理对遗传交换率的影响，进而讨论了在体内检测和量化基因交换方面面临的挑战及研究方向。

宿主微生物群落水平基因转移（HGT）机制和转移原件综述基础研究

结直肠癌

黄秀娟+吴开春等GUT：用无创生物标志物诊断大肠癌（指南）

香港中文大学的黄秀娟、第四军医大学第一附属医院的吴开春和马来西亚国立大学的Raja Affendi Raja Ali作为共同通讯作者，在Gut上发布了亚太胃肠病协会（APAGE）-亚太消化道内镜协会（APSDE）关于使用无创生物标志物诊断结直肠癌的联合临床实践指南。

结直肠癌临床指南无创生物标志物

肠道疾病

Cell子刊：可在肠道内原位分泌治疗性纳米抗体的工程大肠杆菌

将治疗药物直接输送到疾病部位以获得最大限度的疗效并限制脱靶效应的药物平台，是非常需要的。Cell Host and Microbe近期发表的文章，开发出定植到肠道内，向周围环境分泌纳米抗体的大肠杆菌系统PROT3EcT。同时在炎症性肠病小鼠模型中证明，搭载了TNFα中和纳米抗体的PROT3EcT有效缓解病情。PROT3EcT或可成为肠道给药的递送平台。

肠道疾病工程菌纳米抗体

痴呆症

饮食模式如何影响痴呆症相关神经影像标志物

痴呆症的临床症状出现之前，大脑中痴呆症相关的神经退行性病变和血管性病理已经可以通过大脑核磁共振成像检测到。饮食模式被认为可以影响痴呆症的发生风险，但它与痴呆症相关的神经影像学标志物之间的关联还不清楚。瑞典哥德堡大学研究人员近日在Alzheimer's and Dementia发表文章，纳入瑞典哥德堡H70出生队列的610例参与者进行横断面研究，发现不同饮食模式（高蛋白和酒精饮食、西式饮食）确与痴呆症相关的早期神经影像学改变有关。该研究或有助于建立痴呆症预防的精准营养策略。

痴呆症研究论文饮食模式神经影像标志物核磁共振成像(MRI)

肠内分泌细胞（EECS）

肠内分泌细胞影响小鼠肠道菌群和脂质吸收

肠内分泌细胞（EECs）及其激素是全身能量稳态的重要调节因子，EECs感知腔内营养物质和微生物代谢物，随后分泌各种局部或远距离作用的激素。然而，EECs在成年小鼠中的生理重要性以及与肠道菌群的相互作用还未知。CMGH Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology上发表的最新文章，旨在确定健康成年个体中EECs完全丧失对能量代谢、肠道转录组和菌群的长期影响，发现EECs的缺失会损害肠道脂质吸收，导致转录组和代谢适应以及肠道菌群的重塑。

肠内分泌细胞（EECS）脂质吸收研究论文基础研究肠道菌群

AKK菌

智发朝+毕玉晶等：系统评估源自人肠道和母乳的Akk菌分离株

南方医科大学南方医院的智发朝团队与北京微生物与流行病学研究所的毕玉晶团队在Microbiology spectrum上发表的一项最新研究结果，对31株健康人的Akk菌分离株（30株分离自粪便、1株分离自母乳）进行了一般特征、遗传特征、耐受性、毒性等方面的综合评估，发现分离自母乳的AM06菌株具有低毒性、高遗传稳定性、高pH及胆盐耐受性等优势，或可作为候选益生菌。

AKK菌研究论文基础研究益生菌

结直肠癌

肠道细菌Eubacterium callanderi具有抗结直肠癌活性

宏基因组分析表明，肠道菌群失调影响结直肠癌（CRC）发生发展。但宏基因组分析无法直接提供可供培养的菌株进行进一步的研究。韩国生命工学研究院研究人员近日在Microbiology spectrum发表研究文章，通过肠道菌群分离培养发现真细菌属的Eubacterium callanderi对体内外的CRC细胞具有抗肿瘤活性，并进一步指出其活性物质可能是丁酸及4-氨基丁酸，为开发防治CRC的益生菌提供了潜在候选对象。

结直肠癌研究论文肠道菌群 Eubacterium callanderi 抗肿瘤活性

乳双歧杆菌Probio-M8

张和平+赵建民等：Probio-M8联合药物可改善绝经后骨质疏松症患者骨代谢

绝经后骨质疏松症（PMO）是指发生于绝经后妇女，以全身性的骨量减少、伴随骨的微结构改变，导致骨脆性增加，因而增加骨折危险性的一种疾病。根据PMO发病机理，维生素D类似物（如骨化三醇）、钙片等被广泛用于PMO临床治疗。然而，长期使用这些药物会产生便秘和高钙血症等副作用。近日，内蒙古农业大学张和平、内蒙古医科大学附属医院赵建民及团队在European Journal of Nutrition发表最新研究，设计一项RCT试验，招募40名PMO患者，随机分为Probio-M8组（钙片+骨化三醇+Probio-M8菌粉，150亿CFU/天）和安慰剂组（钙片+骨化三醇+安慰剂）并进行为期三个月的干预，发现与服用常规药物相比，Probio-M8联合给药对PMO患者骨代谢的改善效果更显著，其有益效果可能与调节肠道菌群及其代谢通路有关。总之，该研究为乳双歧杆菌Probio-M8联合药物缓解骨质疏松症增添新证据，值得关注。

乳双歧杆菌Probio-M8 骨代谢研究论文基础研究随机双盲对照实验（RCT）

肿瘤异质性

一种新的CRC类器官生物打印平台或助力重现患者的特异性肿瘤

肿瘤异质性结直肠癌细胞 3D生物打印药物筛选辐射治疗

痤疮丙酸杆菌

一文速览痤疮丙酸杆菌

痤疮丙酸杆菌是一种革兰氏阳性菌，通常定植于人类皮肤，其可通过定植抵抗性、抗氧化和免疫调节的特性调控皮肤稳态，但其能否引起和加重其他疾病，如手术相关的感染并不清楚。近期发表在Trends in Microbiology上的一篇文章对痤疮丙酸杆菌的研究进展进行了总结，如命名历史，定植与分布位置，其分泌的产物和与葡萄球菌定植，以及与其他疾病之间的关系和抗生素抵抗情况等，值得相关人士阅读。

痤疮丙酸杆菌痤疮 SCFA 免疫调节皮肤疾病

结直肠癌

首都医科大学：EB病毒促进结直肠癌进展的新机制

EB病毒（Epstein-Barr virus，EBV）是一种疱疹病毒，其在人群中感染率超过90%。EBV感染与鼻咽癌、胃癌及淋巴瘤等多种肿瘤的发生发展有关，但在结直肠癌中缺乏相应研究。首都医科大学公共卫生学院陈瑞、李晓波及其团队近日在Advanced Science发表最新研究文章，发现EBV编码的microRNA EBV-miR-BART18-3p通过脂肪从头合成途径促进结直肠癌发展，为结直肠癌的临床干预提供了新的潜在靶点。

结直肠癌 Epstein–Barr病毒(EBV) microRNA 脂肪从头合成研究论文

代谢组学数据

Nature子刊：如何恰当地再利用代谢组学数据（评论）

过去20年里，随着代谢组学实验数量呈现指数级增长，数据共享库对扩大该领域的影响变得至关重要。但是由于该领域仍缺乏标准化的实验和计算方法，使数据重用变得更复杂。近日，研究人员在Nature Cell Biology发表最新评论，围绕代谢数据从代谢数据质控、优先分析、代谢物注释、以及借助新的生信工具和计算软件重新处理原始数据等角度给出系统的建议，值得关注。

代谢组学数据数据再利用其他基础研究共享数据

新冠

国内团队Nature Reviews：新冠与肠道菌群（综述+一图读懂）

香港中文大学的黄秀娟团队在Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology上发表的一篇观点型综述，详细介绍了新冠病毒感染导致的肠道菌群变化，并讨论了新冠病毒诱导肠道菌群失调以及肠道菌群失调影响新冠病毒感染严重程度的潜在机制，同时探讨了新冠病毒流行前、流行期间及流行后的肠道菌群变化，以及新冠病毒防控措施对肠道菌群的影响，最后展望了靶向干预菌群以改善新冠肺炎患者结局的可能。

新冠综述肠道菌群

血液病

真性红细胞增多症患者的肠道菌群有何特征？

真性红细胞增多症（PV；简称真红），是一种造血干细胞疾病，以JAK2V617F突变或JAK2 12号外显子突变导致的红系增生为主伴有粒系和巨核系均增生为主要特征的慢性骨髓增殖性疾病。肠道菌群已经报道和多种疾病有关，但目前关于探究PV患者肠道菌群特征的研究仍很有限。近日，丹麦研究人员在Blood Advances发表最新研究，通过比对102例PV患者与42名健康人肠道菌群，发现PV患者alpha菌群多样性以及厚壁菌门和普雷沃氏菌属丰度较低。此外，不同治疗方式（干扰素、羟基脲、无治疗、干扰素联合鲁索利替尼）对PV菌群组成也有影响，相比其他治疗组，接受干扰素治疗患者肠道拟杆菌属丰度较低，其菌群结构与HC更相似。总之，该研究为揭示PV患者菌群特征奠定了基础，也为未来通过靶向肠道菌群干预PV提供了新思路。

血液病肠道菌群特征研究论文基础研究治疗手段

肠-胰腺轴

武大团队：基于益生菌孢子的口服药物递送系统，或可强化胰腺癌化疗

胰腺癌（PDAC）的化疗效果因抗肿瘤药物的瘤内递送不足而受阻。近日，武汉大学张先正团队在Nano Letters发表文章，利用基于益生菌孢子的口服药物递送系统通过肠-胰腺轴易位，增强胰腺癌的化疗效果，本研究提供了增强PDAC化疗的新途径。

肠-胰腺轴药物递送孢子细菌移位胰腺癌

高血压

宁康团队：分析少数民族菌群，揭示高热量饮食如何通过肠菌引起高血压

先前研究表明，肠道菌群失调和高血压有关，居住在甘肃省肃南裕固族自治县的汉族和裕固族原发性高血压发病率极高。近日，华中科技大学宁康、程铭悦与团队在Microbiology spectrum发表最新研究，流行病学调查发现肃南县汉族和裕固族人群高血压患病率是全国平均水平的1.8倍，进一步对153份汉族与裕固族人（81例高血压，72例对照）粪便样品测序，发现在高热量饮食下，高血压个体毛螺菌属丰度显著减少，可能通过降低血清HDL-C水平促进高血压进展。此外，还发现高热量饮食下汉族高血压患者肠道菌群更脆弱。总之，该研究为高热量饮食下探究菌群失调和高血压间的联系提供了新见解。

高血压毛螺菌属研究论文基础研究肠道菌群

古菌

Nature子刊：一文读懂古菌的细胞生物学进展（综述）

古菌（又称古生菌、古细菌等），是单细胞微生物，多生活在极端的生态环境中。过去十年中揭示了古菌在自然界的多样性和普遍性，越来越多的研究强调了它们在生态学、生物技术甚至人类健康中的重要性。近日，德国弗莱堡大学在Nature Microbiology发表最新综述，描述了古菌细胞生物学的最新进展，并讨论了它们的形态、细胞组织、细胞包膜和内部组织结构特点。还论述了高度多样化古菌的两种细胞分裂机制，未来还需借助高性能的观测仪器、优化古菌培养条件等手段进一步挖掘古菌的新颖性，值得关注。

古菌细胞形态综述基础研究细胞生物学

肠道菌群

粪便样本、厌氧分离培养方法可反映肠道菌群组成

粪便样本常用于检测健康或患病人群的肠道菌群特征。但粪便菌群是否能够反映整个肠道、尤其是肠道黏膜相关的菌群特征存在争议。另外，传统的细菌培养方法对肠道中厌氧菌效果不佳，但厌氧分离培养是否能够反映肠道菌群特征尚缺乏评估。近日，Microbiome发表的研究文章表明，配对的粪便和直肠活检冲洗样本的细菌特征非常相似，肠道细菌的厌氧分离培养也显示出与扩增子测序相似的细菌组成，从而证明粪便样本和厌氧分离培养方法都可以用于反映肠道细菌组成。

肠道菌群采样方法肠道菌群培养组

结直肠癌

Nature子刊：化疗或放疗增加健康干细胞的突变负担

全基因组突变分析表明，特定的抗癌药物对癌细胞具有高度诱变性，但抗癌治疗是否诱导正常细胞发生突变尚不清楚。Nature Communications近期发表文章，发现化疗或放疗的系统应用增加了正常肠道干细胞的突变负荷，增加第二癌症发生的风险。

结直肠癌化疗放疗干细胞

胆汁酸代谢

Cell子刊：次级胆汁酸代谢紊乱是1型糖尿病前兆

胆汁酸是由肝脏中胆固醇为底物合成的两亲性分子，是促进小肠中脂质吸收的重要因子。胆汁酸代谢在体内分为初级代谢和次级代谢，经胆管排入肠道后，大部分胆汁酸会经过二次吸收进入机体，在全身脂质代谢和葡萄糖代谢中发挥关键的调控作用。已有很多研究发现胆汁酸代谢异常与包括脂肪肝、心脏病、2型糖尿病在内的多种疾病相关。因此，肠道菌群-胆汁酸调控轴成为代谢疾病临床治疗潜在的靶点。有研究显示在胰岛自体免疫疾病以及1型糖尿病儿童早期伴随有胆汁酸代谢异常和肠道菌群紊乱的特征，但胆汁酸代谢异常和肠道菌群紊乱在疾病发生的关系尚不明确。近期一篇发表在Cell Reports Medicine的研究工作，对一组后期发展为胰岛自身免疫疾病和1型糖尿病的儿童进行了前瞻性的分析，结果显示胆汁酸代谢异常与疾病的早期特征有强相关性。

胆汁酸代谢肠道菌群胰岛自身免疫相关性分析研究论文

褪黑素

西北农林：褪黑素通过肠道菌群缓解衰老引发的肝脏脂代谢异常

由研究表明，衰老个体的肠道菌群对肠道内次级胆汁酸成分的影响可能与导致肝脏脂质代谢异常的原因之一。褪黑素被认为具有抗衰老作用，那么它是否能够通过塑造肠道菌群结构来改善衰老引起的脂代谢异常呢？近日，西北农林科技大学孙超团队在Cellular and Molecular Life Sciences发表研究文章，报道了口服褪黑素通过降低空肠弯曲杆菌丰度调节肠道胆汁酸谱并改善衰老引起的肝脏脂肪积累的现象及其分子机制。

褪黑素肝脂代谢胆汁酸肠道菌群研究论文

白血病

Cell子刊：肠道共生菌促进逆转录病毒致瘤新机制

肠道菌群影响病毒的传播和复制，然而其是否影响病毒传播/复制之外的发病机制，目前仍然未知。近日发表在Cell Reports上的这篇文章，发现共生细菌可促进逆转录病毒-鼠白血病病毒（MuLV）诱导的白血病的发展。这项研究揭示了菌群增强肠道外远端器官肿瘤发生的新机制，并为癌症治疗提供了潜在的靶点。

白血病肠道菌群反转录病毒