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Almut Heinken
文章数:9篇
个性化医疗
Nature子刊:以药代为中心创建的数字微生物新资源—AGORA2
人体微生物组会影响各种常用处方药的疗效和安全性,设计结合微生物代谢的精准医学方法需要菌株和高分辨的、可扩展的计算模型。近日,爱尔兰高威大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究,提出了基因组规模代谢重建资源AGORA2(含7302个菌株),用于构建预测性的个性化微生物组模型,能够对药物治疗的工作原理和患者的反应进行计算机模拟,发现药物代谢在个体间存在显著差异,这是由他们自己的微生物群所驱动的。此外,基于AGORA2的计算机模拟能够识别与临床环境中的观察结果相关的单个药物的微生物和代谢过程。总之,该研究表明AGORA2能够分析人-微生物-药物的相互作用,未来可用于精准医疗,值得关注。
个性化医疗
药物代谢
研究论文
基础研究
微生物代谢
阴道代谢物
Nature子刊:孕期阴道代谢物特征可预测早产风险
本研究通过对阴道代谢组学的检测分析,并借助机器学习方法构建预测模型,发现外源性的一些代谢物可能是导致早产的危险因素,而通过阴道部分代谢物特征可以构建早产的风险评估模型。该成果有望在临床上推广使用。
阴道代谢物
研究论文
孕妇
阴道菌群
自发性早产
代谢建模
研究菌群代谢功能的新模型
Gut Microbes近期发表研究,提出了一种新的模型来研究菌群的代谢功能,并用其分析了梭杆菌属细菌在肠癌中的代谢作用。
代谢建模
肠道菌群
个性化全身模型
新型个性化全身模型可预测疾病标记物和基础代谢速率
精准医疗的一个重要目的是通过建立可预测的个性化人体计算模型,预测可能的治疗方案。本文作者建立的分为男女两种的人体计算模型,同时考虑了传统的生理指标和组学数据,具有器官特异性,在分子水平上和基因组范围内再现了人体全身代谢模型。该模型的介绍和使用方法在https://opencobra.github.io/cobratoolbox/stable/index.html,欢迎读者尝试。
个性化全身模型
Flux balance analysis
human metabolism
metabolic modeling
Microbiome
帕金森症
Cell子刊:菌群影响帕金森病症?
患帕金森后,患者体内的各项代谢途径受到影响。本研究通过对照研究发现,与非患病个体相比,帕金森患者体内的转硫代谢途径改变,且多巴胺能药物治疗可缓解这一现象。进一步分析发现,肠道菌群参与此硫代谢途径,两个主要作用菌株为Akk菌和沃氏嗜胆菌。结合菌群-宿主共代谢,发现牛磺酸共轭胆汁酸是帕金森患者运动症状的主要生物标志物,硫酸化牛磺石胆酸与普通人群的帕金森症状发生有关。虽然研究未能矫正膳食等其他因素的影响,且相关组学数据也并不全面,但该文章揭示了帕金森患者特定的宿主-菌群硫共代谢相关机制,为其临床治疗提供了新的思路。
帕金森症
宿主-菌群互作
硫代谢
Parkinson's disease
bile acid metabolism
IBD
IBD患者肠道菌群的次级胆汁酸代谢能力
来自Microbiome上发表的一项最新研究,通过比较基因组分析,对比了IBD患者与健康人的肠道菌群的次级胆汁酸代谢能力。
IBD
gut microbiome
bile acids
Host-microbe interactions
Metabolism
体外共培养+计算机模拟,分析合生制剂对结直肠癌细胞的影响
《Cell Reports》上发表的一项最新研究,结合了体外共培养系统及计算机模拟方法,分析了合生制剂(鼠李糖乳杆菌GG株+膳食纤维)对结直肠癌细胞的影响。
结直肠癌
体外共培养+计算机模拟,分析合生制剂对结直肠癌细胞的影响
《Cell Reports》上发表的一项最新研究,结合了体外共培养系统及计算机模拟方法,分析了合生制剂(鼠李糖乳杆菌GG株+膳食纤维)对结直肠癌细胞的影响。
结直肠癌
结直肠癌
合生制剂
体外共培养系统
Arri Coomarasamy
生物信息学工具
VMH——整合人体和肠道菌群的代谢数据库
Nucleic Acids Research近期发表文章,报道了一个新的跨学科数据库——人类虚拟代谢数据库VMH。该数据库涵盖了人体和肠道微生物的代谢信息,并将其与疾病和营养联系起来,可用于饮食、代谢与疾病的大规模、多组学研究。
生物信息学工具
代谢建模
数据库
Eran Elinav
Patrick Veiga