第1926期：郑大一院任志刚等突破：口咽菌群或可用于确诊新冠
本期话题：新冠，口咽菌群，免疫调节，干扰素，IBD，SLE，骨关节炎，茯苓多糖
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2021年09月02日

任志刚+崔光莹：新冠肺炎相关的口咽菌群特征

Advanced Science [IF:17.521]
① 对73例COVID-19确诊病例（CC）、36例疑似病例（SC）、21例康复确诊病例、36例康复疑似病例、140例健康对照（H）的口咽菌群进行测序分析；② 与H相比，CC的口咽菌群的α-多样性显著降低，条件致病菌增加，产丁酸菌减少；③ 基于口咽菌群标志物，可有效诊断出SC中的CC（IgG抗体阳性）；④ 随着COVID-19的恢复，一些H与CC之间差异显著的菌属相应地逐渐增加或减少；⑤ 44个口咽菌群OTU与11个SARS-CoV-2感染的临床指标相关。
【主编推荐语】郑州大学第一附属医院的任志刚、崔光莹与团队在Advanced Science上发表的一项最新研究，发现基于口咽菌群标志物可区分出新冠疑似患者中的确诊患者，并鉴定出了多个与新冠感染临床指标相关的口咽菌群OTU。（@aluba）
Characterization of the Human Oropharyngeal Microbiomes in SARS-CoV-2 Infection and Recovery Patients
2021-08-22, doi:10.1002/advs.202102785
COVID-19 研究论文 队列研究 口咽菌群 Guangying Cui Zhigang Ren Ming Gao
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口腔菌群的促炎性失调与新冠长期症状相关

JCI insight [IF:9.484]
① 纳入164名9个月内出现COVID-19症状的患者进行前瞻性研究，84名患者PCR检测阳性，对其中27人完成4周及10周的随访；② 患者症状持续时间平均长度为45.8天，其中14名超过4周，10名超过10周；③ 对患者的口腔菌群进行分析后发现，长期症状患者中，可诱发炎症菌群的丰度显著升高，如普氏菌属、韦荣球菌属等；④ 长期症状患者的炎症代谢途径发生改变，包括支链氨基酸合成等抗炎通路降低，LPS合成等促炎通路增加。
【主编推荐语】JCI insight上发表的一项前瞻性队列研究结果，对27名新冠患者进行10周以上的随访后发现，口腔菌群组成及功能的促炎性失调与新冠症状长期持续相关。（@aluba）
Inflammation-type dysbiosis of the oral microbiome associates with the duration of COVID-19 symptoms and long-COVID
2021-08-17, doi:10.1172/jci.insight.152346
COVID-19 研究论文 口腔菌群 前瞻性队列研究 John P Haran Vanni Bucci Evan Bradley
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Nature子刊：肠道菌群介导的代谢影响免疫

Nature Communications [IF:17.694]
① 从粪便宏基因组的相对丰度和基因组变异看，从坦桑尼亚的农村到城市再到欧洲荷兰，肠道菌群组成呈梯度性变化；② 农村人群的拟杆菌（主要是P. copri）和真菌较多；③ 通过测量细胞因子反应（尤其是TNF-α和IFN-γ），鉴定出34种有免疫调节作用的微生物，其对循环代谢物的影响大于非免疫调节性微生物；④ 多项证据表明，组氨酸和精氨酸代谢是长双歧杆菌和嗜黏蛋白阿克曼菌等微生物介导的免疫调节途径。
【主编推荐语】Nature Communications近期发表的文章，对非洲农村和城市人群以及西方人群进行分析，揭示出肠道菌群差异和代谢差异，以及菌群-代谢物-细胞因子反应之间的相关性。（@章台柳）
Gut microbiome-mediated metabolism effects on immunity in rural and urban African populations
2021-08-11, doi:10.1038/s41467-021-25213-2
肠道菌群 农村 城市 免疫 Mihai G Netea Quirijn de Mast Martin Stražar
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tonic干扰素信号通过调节肠道菌群以维持免疫稳态

eLife [IF:8.713]
① STAT1敲除小鼠自发性发展出炎症性疾病，表现为脾脏肿大、中性粒细胞增加及造血干细胞在脾脏中的累积；② 缺失STAT1的CD4+ T细胞产生的IFN-γ及IL-17A增加，STAT1敲除导致的小鼠病理与其对I型、II型及III型干扰素的不应答相关；③ STAT1敲除小鼠对DSS诱导结肠炎的易感性增加，并表现出肠道菌群失调；④ 抗生素处理以降低细菌负荷可抑制Th17细胞的扩增，而阻断IL-17信号可抑制髓系细胞的扩增及造血干细胞在脾脏中的累积。
【主编推荐语】经典干扰素信号通过STAT1调控对感染的应答。来自eLife上发表的一项最新研究结果，揭示了tonic干扰素信号通过调节肠道菌群，以维持免疫稳态的机制。（@aluba）
Tonic interferon restricts pathogenic IL-17-driven inflammatory disease via balancing the microbiome
2021-08-11, doi:10.7554/eLife.68371
延伸阅读： 【人体微生物组与健康】
干扰素信号 研究论文 基础研究 啮齿动物（小鼠） IL-17 菌群-免疫互作 David Levy Isabelle J Marie
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靶向细菌黏附素FimH或可治疗克罗恩病

Microbiome [IF:16.837]
① 对比358名克罗恩病患者和43名健康志愿者的肠道菌群组成，发现克罗恩病患者的肠道菌群中的肠杆菌科富集，并与疾病活动度密切相关；② 65%的克罗恩病患者的回肠活检组织中存在表达细菌黏附素FimH的细菌，FimH表达仅限于变形菌门，而肠杆菌科中的所有菌种均表达FimH；③ 在肠道外植体中，FimH特异性阻断剂TAK-018能够以TLR4依赖性方式抑制肠杆菌科对肠道上皮的黏附，并预防炎症，从而保护黏膜完整性。
【主编推荐语】超过半数的克罗恩病患者的肠道菌群中存在粘附侵袭性大肠杆菌（AIEC），AIEC表达的细菌黏附素FimH可通过作用于TLR4，以诱导肠道上皮细胞及巨噬细胞的炎症细胞因子产生。来自Microbiome上发表的一项最新研究，发现相比于健康对照，克罗恩病患者的肠道菌群中的肠杆菌科富集，且普遍存在表达FimH的细菌。特异性阻断FimH可抑制肠杆菌科的肠道上皮黏附，并预防肠道黏膜炎症。这些发现为治疗克罗恩病带来了新启示。（@aluba）
Blockage of bacterial FimH prevents mucosal inflammation associated with Crohn’s disease
2021-08-23, doi:10.1186/s40168-021-01135-5
延伸阅读： 【微生态】
克罗恩病 FimH 研究论文 基础研究 粘附侵袭性大肠杆菌 队列研究 肠杆菌科 Grégoire Chevalier Arnaud Laveissière
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日本SLE患者的肠道菌群组成及功能特征

Annals of the Rheumatic Diseases [IF:27.973]
① 纳入来自日本的47名SLE患者及203名健康对照，对肠道菌群进行宏基因组关联分析，并整合GWAS及血浆代谢产物数据；② SLE患者的肠道菌群中，中间型链球菌及咽峡炎链球菌的丰度增加；③ 鉴定出8个细菌基因（包括链球菌属的氧化还原反应相关基因）及7个通路（包括硫代谢及鞭毛组装相关通路）在SLE患者与健康对照之间存在显著差异；④ SLE患者中富集的基因组及宏基因组通路存在重叠；⑤ 酰基肉碱的水平与中间型链球菌的丰度呈正相关。
【主编推荐语】肠道菌群变化与系统性红斑狼疮（SLE）的发病机制相关。Annals of the Rheumatic Diseases上发表的一项最新研究，通过宏基因组关联分析，对比鉴定了SLE患者与健康对照之间的肠道菌群组成及功能差异，并通过整合GWAS及血浆代谢产物数据，揭示了SLE特异性菌群特征与宿主基因组及代谢产物的关联。（@aluba）
Metagenome-wide association study revealed disease-specific landscape of the gut microbiome of systemic lupus erythematosus in Japanese
2021-08-23, doi:10.1136/annrheumdis-2021-220687
延伸阅读： 【人体微生物组与健康】 【Medical Xpress】
系统性红斑狼疮 宏基因组关联分析 研究论文 队列研究 Yoshihiko Tomofuji Yuichi Maeda Eri Oguro-Igashira Yukinori Okada
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肥胖相关骨关节炎的血清LPS水平升高

Arthritis and Rheumatology [IF:15.483]
① 收集92名BMI≥30kg/m^2的受试者的粪便和血液样本，其中OA患者50例，对照42例；② 与对照相比，OA患者年龄稍大，女性较多，BMI、WOMAC疼痛和膝骨关节炎KL分级更高；③ 两组的粪便菌群α-多样性、β-多样性及菌属水平的组成无显著差异，OA患者的血浆骨调素和血清LPS水平更高；④ 无菌小鼠在移植OA患者或对照的粪便菌群后，其粪便菌群在α-多样性及β-多样性上有显著差异，但在OA严重程度上无显著差异。
【主编推荐语】Arthritis and Rheumatology上发表的一项最新研究，发现肥胖相关骨关节炎（OA）患者的粪便菌群多样性及组成与对照无显著差异，而血浆骨调素及血清LPS水平显著升高。（@aluba）
Association of Increased Serum Lipopolysaccharide but not Microbial Dysbiosis with Obesity-related Osteoarthritis
2021-08-23, doi:10.1002/art.41955
骨关节炎 肥胖 研究论文 队列研究 LPS 骨调素 Richard F Loeser
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苏州大学：肠道菌群与骨关节炎的因果关联

Osteoarthritis and Cartilage [IF:7.507]
① 基于孟德尔随机化方法，鉴定出与骨关节炎具有因果关联的3个菌群分类群；② 甲烷杆菌科与任意骨关节炎及膝骨关节炎相关，脱硫弧菌目与膝骨关节炎相关，Ruminiclostridium5菌属与膝骨关节炎相关；③ 另外，鉴定出49种与膝骨关节炎相关的菌群通路（黑素细胞调控、色素细胞调控等）、3种与髋骨关节炎相关的通路（铵离子应答等）、5种与任意骨关节炎相关的通路（神经系统发育调控等）。
【主编推荐语】苏州大学的雷署丰团队在Osteoarthritis and Cartilage上发表的一项最新研究，基于孟德尔随机化方法，鉴定出了与骨关节炎具有因果关联的3个菌群分类群（甲烷杆菌科、脱硫弧菌目及Ruminiclostridium5菌属），并鉴定出了与骨关节炎相关的菌群通路。（@aluba）
The Causal Role of Gut Microbiota in Development of Osteoarthritis
2021-08-20, doi:10.1016/j.joca.2021.08.003
肠-骨轴 骨关节炎 研究论文 基础研究 孟德尔随机化法 Shu-Feng Lei Xing-Hao Yu Yi-Qun Yang
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暨南大学：茯苓多糖或能调菌群，改善慢性非细菌性前列腺炎

International Journal of Biological Macromolecules [IF:8.025]
① 在CNP大鼠模型中，茯苓多糖及非那雄胺均可减低前列腺重量及前列腺指数，并改善前列腺炎症部位的组织学损伤；② 另外，茯苓多糖及非那雄胺均可抑制促炎因子（TNF-α、IL-2及IL-8）及雄激素（二氢睾酮、睾酮）的产生；③ 茯苓多糖与非那雄胺对大鼠肠道菌群的影响不同，茯苓多糖（而非非那雄胺）可恢复CNP诱导的肠道菌群变化；④ 茯苓多糖通过靶向瘤胃球菌科NK4A214，从而恢复肠道菌群。
【主编推荐语】非那雄胺可用于治疗慢性非细菌性前列腺炎（CNP）。暨南大学的彭喜春团队在International Journal of Biological Macromolecules上发表的影响最新研究，发现茯苓多糖及非那雄胺均可显著缓解CNP大鼠的前列腺炎症，并降低促炎因子及雄激素的产生。两者的作用机制有所差异，茯苓多糖可能通过调节肠道菌群以缓解CNP。（@aluba）
Poria cocos polysaccharides attenuate chronic nonbacterial prostatitis by targeting the gut microbiota: Comparative study of Poria cocos polysaccharides and finasteride in treating chronic prostatitis
2021-08-21, doi:10.1016/j.ijbiomac.2021.08.139
延伸阅读： 【人体微生物组与健康】
茯苓多糖 研究论文 基础研究 其它动物 慢性前列腺炎 慢性非细菌性前列腺炎 Xichun Peng Junsheng Liu
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