【主编推荐语】人类肠道微生物组与健康和疾病有着错综复杂的联系。微生物衍生的分子与许多涉及炎症的慢性疾病有关。Cell Host and Microbe发表的这篇Snapshot,总结了免疫原性的菌群分子的多样性和复杂性,并将其命名为“暴露生物组”(expobiome)。作者认为,暴露生物组与人类免疫途径之间的相互作用可以为多种慢性疾病提供新的机制假说。通过整合现有数据,作者构建了一个在线工具——暴露生物组图谱Expobiome Map(https://expobiome.lcsb.uni.lu/),可供专业人士探索菌群-免疫互作在慢性疾病中的潜在作用。(@mildbreeze)
【主编推荐语】人类基因组与肠道微生物群存在关联,但相关研究主要基于欧美人群,其他不同种族的宿主基因型-微生物组的关联仍待揭示。Cell Host and Microbe近期发表研究,在6个不同种族的4117名受试者中进行了大规模的微生物组全基因组关联研究,鉴定出种族特异性和共同的宿主基因组-肠道微生物关联,并结合泛英国生物库的数据,通过孟德尔随机化分析评估了肠道微生物对心血管代谢的潜在因果关系。(@mildbreeze)
【主编推荐语】肠道微生物依靠人体的肠道生存,同时协助人体完成多种生理生化功能。目前已经证实肠-眼轴的存在,肠道菌群的改变与眼病的生理病理变化密切相关。发表在Progress in Retinal and Eye Research上的一篇文章对肠道微生物在常见眼部疾病发生发展中的分子机制、调控作用及其治疗前景进行了综述,表明进一步深入研究眼病相关的肠道微生物环境状态有助于揭示眼病新的发病机制以及提供新的治疗靶点。(@EADGBE)
【主编推荐语】菌群分类能够确定菌群的潜在类型和来源,从而有助于更好地理解群落的分类和功能结构是如何发展和维持的。华中科技大学宁康团队近期在Briefings in Bioinformatics发表文章,引入了基于迁移学习的EXPERT,使分类模型能够适应多种环境,具有较高的效率和准确性。作者在文中证明了迁移学习可以促进在不同背景下的菌群分类,例如在有限样本数量的多种疾病的菌群分类,以及预测结肠直肠癌连续分期的肠道菌群的变化。从广义上说,EXPERT实现了精确的、情景感知的菌群定制分类,并增强了新的微生物知识发现能力。(@刘永鑫-农科院-宏基因组)