菌群和饮食如何影响抑郁？Cell子刊揭示新机制

Cell子刊：菌群+饮食没“管好”，升脯氨酸致抑郁

① 饮食来源的脯氨酸（Pro）和血液中的Pro水平与抑郁程度呈正相关；② 不同抑郁程度的患者肠道菌群的组成和功能不同，且肠道菌群会对循环Pro水平产生影响；③ 脑铁沉积以及多个与rich-hub相关的脑部区域与抑郁程度或Pro水平相关；④ 队列数据和小鼠实验表明，编码Pro和GABA转运蛋白的基因与抑郁症相关；⑤ 果蝇实验表明，神经元中Pro和GABA转运蛋白的低表达可抵抗机械应激诱导的抑郁状态；⑥ 给果蝇单一定植GABA高效生产者植物乳杆菌可抵抗抑郁状态。

Microbiota alterations in proline metabolism impact depression

2022-05-03, doi:10.1016/j.cmet.2022.04.001

延伸阅读：【Medical Xpress】【中营惠营养健康研究院】

肠-脑轴 Gut microbiota brain cognition depression Amino Acids Diet proline 肠道菌群氨基酸饮食 Jordi Mayneris-Perxachs Rafael Maldonado José Manuel Fernández-Real

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福建农林大学Science发文：蜜蜂脑部瞬时激活的多巴胺信号调控食物欲望

Science [IF:63.714]

① 当蜜蜂离开食物源并开始跳舞传递食物源信息时和刚到饲喂器时，对食物的期望会增加蜜蜂大脑中的多巴胺水平；② 多巴胺能信号的药理学阻断，降低了蜜蜂采集频率，增加了在蜂巢中的停留时间，从而增加了连续采集往返时间，表明多巴胺受体拮抗剂（fluphenazine）对采集欲望产生了负面影响；③ 多巴胺而非5-羟色胺，会影响蜜蜂对蔗糖溶液的反应以及嗅觉相关的食欲和学习。

Food wanting is mediated by transient activation of dopaminergic signaling in the honey bee brain

2022-04-28, doi:10.1126/science.abn9920

延伸阅读：【Science】【福建农林大学】【BioArt】

食物欲望多巴胺信号蜜蜂蜜蜂摇摆舞 Jingnan Huang Zhaonan Zhang Yuanhong Zhao Wangjiang Feng Martin Giurfa Songkun Su

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Nature：对“食物”的趋化作用塑造了海洋菌群的微观组织

Nature [IF:69.504]

① 利用微流控平台量化海洋原核生物对“食物”的行为反应，发现其对浮游植物来源的溶解有机物（DOM）具有显著趋化作用；② 不同浮游植物来源的不同DOM组分吸引着系统发育以及功能不同的海洋菌群；③ 在功能上，这些菌群在运输、代谢浮游植物来源的化合物以及共生（包括苷酸、维生素B和生长促进激素的合成）等方面明显富集；④ 海洋菌群的趋化作用受特定化学引诱剂的“引诱”，并对生物地球化学转化、海洋食物网生态系统至关重要。

Chemotaxis shapes the microscale organization of the ocean’s microbiome

2022-04-20, doi:10.1038/s41586-022-04614-3

微流控平台海洋原核生物溶解有机物生物地球化学转化海洋食物网化学引诱剂 Jean-Baptiste Raina Justin R Seymour

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复旦大学Nature子刊：基于孪生神经网络的高效宏基因分箱新工具SemiBin

Nature Communications [IF:17.694]

① SemiBin是一种基于深度学习的半监督宏基因组分箱工具，支持单样本组装结果、多样本混拼（co-assembly）结果和多样本信息聚合三种模式；② SemiBin在模拟和真实数据集中分箱性能均显著优于现有工具（如常用分箱软件Metabat2、Maxbin2、SolidBin及VAMB）；③ SemiBin可以从人类和犬肠道样本中发现普通拟杆菌菌株间的差异；④ 使用SemiBin时，推荐选择与输入样本处于同一生境的样本所建立的学习模型。

A deep siamese neural network improves metagenome-assembled genomes in microbiome datasets across different environments

2022-04-28, doi:10.1038/s41467-022-29843-y

宏基因组分箱宏基因组组装基因组 (MAGs) 研究论文基础研究人工智能与生物医学 Shaojun Pan Xing-Ming Zhao Luis Pedro Coelho

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IBS患者具有怎样的微生物组和代谢组特征？

Gut Microbes [IF:9.434]

① 微生物组和代谢组联合使用，可更高精度地区分健康人和肠易激综合征患者（IBS），但不能区分经典的、基于粪便模式的IBS亚型；② 鉴别IBS亚型需进行微生物组和代谢组聚类分析，涉及心理应激、血浆5-羟色胺及其代谢物水平、腹部手术史、饮食热量摄入和IBS诊断后的时间等因素；③ 代谢反应网与微生物组信息结合，揭示了宿主和微生物之间的相互作用；④ 本研究揭示了IBS发病机制中的微生物群-肠-脑轴之间的关系，为深入了解IBS发病机制提供基础。

Integrated fecal microbiome-metabolome signatures reflect stress and serotonin metabolism in irritable bowel syndrome

2022-04-21, doi:10.1080/19490976.2022.2063016

IBS 肠道微生物组微生物代谢组微生物-肠-脑轴 Zlatan Mujagic Melpomeni Kasapi

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兰州大学：尚无证据表明益生菌可预防先天性巨结肠相关小肠结肠炎

Cochrane Database of Systematic Reviews [IF:12.008]

① 纳入2项随机对照试验（共包含122名受试者）进行荟萃分析，总结益生菌用于预防先天性巨结肠相关小肠结肠炎（HAEC）的效果；② 其中一项研究未报道严重不良事件，另一项研究未对严重不良事件进行分析；③ 低确定性的证据表明，相比于安慰剂，益生菌对I级HAEC儿童的疾病严重程度几乎无影响；④ 极低确定性的证据表明，益生菌对II级HAEC儿童的疾病严重程度的影响无法确认；⑤ 低确定性的证据表明，益生菌对III级HAEC儿童的疾病严重程度几乎无影响。

Probiotics for the prevention of Hirschsprung-associated enterocolitis

2022-04-26, doi:10.1002/14651858.CD013714.pub2

益生菌荟萃分析先天性巨结肠相关性小肠结肠炎 Bin Ma Fan Mei

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北京协和医学院：绘制不同胃肠道部位的菌群图谱

Microbiology spectrum [IF:9.043]

① 40名河南林州接受上消化道癌症筛查的参与者，收集唾液、食管拭子、贲门、非贲门活检、胃液和粪便样本；② 扩增子序列变异（ASV）从唾液到食管拭子、贲门、非贲门活检和胃液标本逐渐减少，然后从胃液到粪便标本逐渐增加；③ 每个GI位点都有独特的菌群特征，与相邻位点的菌群特征重叠；④ 与幽门螺杆菌阴性参与者相比，阳性参与者在贲门和非贲门标本的ASV和香农指数降低；⑤ 胃pH值和幽门螺杆菌感染对胃液菌群多样性和组成具有相似的加性效应。

Microbial Diversity and Composition in Six Different Gastrointestinal Sites among Participants Undergoing Upper Gastrointestinal Endoscopy in Henan, China

2022-04-25, doi:10.1128/spectrum.00645-21

胃肠道菌群不同胃肠道部位幽门螺杆菌 Wenqiang Wei Minjuan Li

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国内团队：粪菌移植改善小鼠的脊髓损伤

Microbiology spectrum [IF:9.043]

① 在脊髓损伤小鼠模型中，移植健康小鼠的粪菌可显著改善脊髓中的神经元存活及白质保留；② 另外，粪菌移植可减少脊髓损伤小鼠的脊髓缺血，并改善血管修复及周皮细胞覆盖率；③ 同时，粪菌移植可在脊髓损伤小鼠的血脊髓屏障破坏中起到保护作用，并缓解神经胶质增生及神经炎症；④ 粪菌移植可逆转脊髓损伤小鼠的神经营养因子下调，并改变菌群代谢谱，包括β-丙氨酸的增加；⑤ 补充β-丙氨酸可抑制血脊髓屏障破坏，并促进体重增加及神经元存活。

Fecal Microbiota Transplantation Exerts Neuroprotective Effects in a Mouse Spinal Cord Injury Model by Modulating the Microenvironment at the Lesion Site

2022-04-25, doi:10.1128/spectrum.00177-22

粪菌移植研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）脊髓损伤神经保护作用 Yan Yu Zhiguo Chen Yingli Jing

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iMeta：南医大陈连民等综述从基因组功能学角度揭示肠菌对复杂疾病的潜在影响

iMeta [IF:N/A]

① 肠道菌群对宿主的影响主要是通过微生物毒力因子、代谢分子以及与药物的双向互作来介导的；② 本文归纳了肠道菌群在人类健康和疾病中的潜在功能，并总结了相关的分子机制；③ 概述了相关的生物信息学工具，可以用于解码微生物基因组的功能，研究人员可以根据其特定目的去使用它们；④ 介绍了培养组学、基因组编辑、多组学技术以及功能验证新模型的重要性，并阐述了通过调节肠道菌群来改善人类健康的可能性。

Decoding microbial genomes to understand their functional roles in human complex diseases

2022-03-29, doi:10.1002/imt2.14