第2709期：聚焦动物菌群，10文一览近期高分论文
本期话题：动物菌群，宠物，耐药基因，奶牛，瘤胃菌群，虾，蜜蜂，社会行为模式，昆虫，数据库
展开
11月11日

华南农业大学：养猫如何影响主人肠道和生活环境的耐药组？

Microbiome [IF:15.5]
① 通过比较猫、人类及生活环境的抗生素耐药基因（ARG）谱，以确定猫和人类肠道中核心ARG，并探索猫通过环境对人类肠道ARG的影响；② 猫肠道ARGs丰度显著高于人肠道，氨基糖苷和四环素耐药基因是猫肠道中主要的ARGs；③ 养猫者和非养猫者肠道中总ARGs丰度无显著差异，但前者氨基糖苷抗性基因APH(2’)-IIa和AAC(6’)-Im的丰度明显高于后者；④ ARG丰度与生活环境中猫活动频率正相关，肠杆菌科是主要的ARG宿主，共存在于猫、人类肠道和生活环境。
【主编推荐语】宠物有助于人们的身心健康，并且经常与它们的主人生活在一起。然而，宠物携带的抗生素耐药基因及其对主人和生活环境的影响尚不清楚。近日，华南农业大学廖新俤、杨亦文及团队在Microbiome发表最新研究，比较了猫、人类及生活环境的抗生素耐药基因（ARG）谱，以确定猫和人类肠道中核心ARG，以及猫通过环境对人类肠道ARG的影响，发现猫可能会塑造生活环境耐药组，影响人类肠道中一些ARGs的组成，值得关注。（@九卿臣）
Pet cats may shape the antibiotic resistome of their owner’s gut and living environment
2023-10-23, doi:10.1186/s40168-023-01679-8
延伸阅读： 【联川生物】
宠物猫 耐药基因 研究论文 基础研究 菌群-环境 氨基糖苷抗性基因 Yiwen Yang Xindi Liao
赞 评论 收藏

靶向肠道/皮肤菌群或可治疗柴犬特应性皮炎

Microbiome [IF:15.5]
① 招募40只柴犬，其中20只患犬特应性皮炎（cAD）；② cAD犬皮肤中葡萄球菌是最主要的细菌属，而肠道中大肠杆菌/志贺氏菌和狭义梭状芽胞杆菌含量很高；③ 健康犬肠道菌群中梭杆菌和巨单胞菌丰度很高，而cAD犬中显著减少，且丰度与治疗效果和疾病状态呈正相关；④ 奥拉替尼治疗cAD犬后，其菌群组成类似健康犬菌群，尤其是肠道菌群；⑤ 即使在同一品种犬中，线粒体DNA单倍群也不同，且与肠道和皮肤菌群组成之间存在关联。
【主编推荐语】与人类相似，犬特应性皮炎（cAD）是一种慢性复发性疾病。通过益生菌治疗调节肠道菌群组成在人类AD患者中是一种潜在的干预措施， 然而目前尚缺乏对cAD肠道/皮肤菌群的研究。近日，发表在Microbiome上的这篇文章，首次全面对cAD和健康柴犬的皮肤和粪便菌群进行研究，发现cAD柴犬中皮肤和肠道菌群失调，研究结果为通过控制肠道/皮肤菌群以治疗cAD提供了基础。（@圆圈儿）
A comprehensive analysis of gut and skin microbiota in canine atopic dermatitis in Shiba Inu dogs
2023-10-21, doi:10.1186/s40168-023-01671-2
Mirja Thomsen Axel Künstner Misa Hirose
赞 评论 收藏

国内团队：柑橘类黄酮如何调节高淀粉饮食奶牛肠道菌群？

Microbiome [IF:15.5]
① 柑橘类黄酮提取物（CFE）显著降低高淀粉饮食奶牛血清中LPS、促炎细胞因子和急性期蛋白浓度；② 补充CFE增加粪便丁酸生成并降低其LPS；③ CFE影响后肠菌群结构和组成；④ CFE中富集潜在有益菌（拟杆菌属）且与粪便和宿主代谢物正相关；⑤ 补充CFE调控鞘脂代谢，与鞘脂代谢相关代谢物与饲喂CFE奶牛中微生物增加正相关；⑥ 补充CFE降低神经酰胺和鞘磷脂总含量；⑦ 补充CFE显著影响肠道菌群蛋白质谱和功能，且参与碳代谢、鞘脂代谢及氨基酸合成的酶上调。
【主编推荐语】奶牛饮食已从以草料为主转向以谷物和能量密集为主，然而喂养高淀粉饮食可能会导致代谢紊乱，从而导致胃肠道菌群失调和全身炎症反应，而植物黄酮类化合物因其对人类和反刍动物的抗炎作用而引起人们的广泛兴趣。近日，北京农业大学蒋林树团队在Microbiome上发表文章，进行多组学分析并揭示柑橘类黄酮可通过维持后肠菌群稳态和调节高淀粉饮食奶牛的鞘脂代谢以减少全身炎症。（@圆圈儿）
Integrated multi-omics analysis reveals the positive leverage of citrus flavonoids on hindgut microbiota and host homeostasis by modulating sphingolipid metabolism in mid-lactation dairy cows consuming a high-starch diet
2023-10-25, doi:10.1186/s40168-023-01661-4
Yuchao Zhao Linshu Jiang
赞 评论 收藏

国内团队：用饲料添加剂减少奶牛肠道甲烷排放

Microbiome [IF:15.5]
① 根据活重、产奶量和产奶天数将60头奶牛随机分配到对照饮食（CON）、对照饮食加枯草芽孢杆菌（BS），控制饮食加博落回提取物组（MCE）；② 饲喂75天，每组选12头采集瘤胃样本测序，BS处理会降低瘤胃乙酸和丁酸盐浓度，增加丙酸盐浓度；③ MCE处理降低多种产甲烷菌丰度，BS和MCE处理均降低Methanosphaera sp. WGK6和斯氏甲烷球形菌丰度；④ 瘤胃细菌和古菌网络分析表明，饮食处理会影响微生物互作模式，BS和MCE组奶牛比CON组有更多更强关联。
【主编推荐语】反刍家畜生产是肠道甲烷排放的一个重要来源。近日，农科院饲料研究所刁其玉、屠焰及团队在Microbiome发表最新研究，根据活重、产奶量和产奶天数将60头奶牛随机分配到对照饮食、对照饮食加枯草芽孢杆菌，控制饮食加博落回提取物组；发现饲粮中添加枯草芽孢杆菌和博落回提取物可提高奶牛的干物质采食量和产奶量，同时减少肠道甲烷排放。总之，本研究为揭示饲喂枯草芽孢杆菌和博落回提取物来减少奶牛肠道甲烷排放以影响瘤胃微生物活性提供了新的信息，值得关注。（@九卿臣）
Bacillus subtilis and Macleaya cordata extract regulate the rumen microbiota associated with enteric methane emission in dairy cows
2023-10-19, doi:10.1186/s40168-023-01654-3
枯草芽孢杆菌 甲烷排放 研究论文 基础研究 瘤胃样本 短链脂肪酸 产甲烷菌 微生物互作 动物实验 Peng Jia Li-feng Dong Yan Tu Qiyu Diao
赞 评论 收藏

江西农大：应激过渡期新进牛瘤胃微生物与机体互作动态变化规律

Microbiome [IF:15.5]
① 探索应激期新进牛瘤胃菌群及整个机体代谢变化规律对揭示新进牛生长迟缓机制，制定精准营养干预策略，促进新进牛健康生长具有重大深远意义；② 本研究中，作者科学解析了新进牛应激过渡期瘤胃菌群组成及功能的动态变化规律；③ 深入阐明了新进牛应激过渡期瘤胃代谢组和血清代谢组的动态变化规律；④ 成功构建了瘤胃菌群-宿主互作网络，首次揭示了新进牛生长受阻机制；⑤ 科学明确了新进牛应激调控关键窗口期。
【主编推荐语】江西农业大学瞿明仁、李艳娇与团队在Microbiome发表研究，首次对应激过渡期新进牛瘤胃微生物及血液代谢组进行深度多组学联合测序分析，首次深入揭示了应激过渡期新进牛瘤胃菌群基因集、瘤胃代谢产物图谱、血清代谢产物图谱的动态变化规律，成功构建了瘤胃菌群-宿主互作网络，科学阐明了新进牛生长受阻的机理，科学明确了新进牛健康干预调控的窗口期。这一成果为精准制定新进牛的营养饲喂策略，缓解过渡期应激，促进其健康生长提供新视角。（@刘永鑫-农科院-宏基因组）
Revealing the developmental characterization of rumen microbiome and its host in newly received cattle during receiving period contributes to formulating precise nutritional strategies
2023-11-03, doi:10.1186/s40168-023-01682-z
延伸阅读： 【宏基因组】 【国家肉牛牦牛体系】
新进牛 接收期 瘤胃宏基因组学 瘤胃代谢组学 血清代谢组学 运输
赞 评论 收藏

宁波大学：生物絮团富集的肠菌或可帮虾抗感染

Microbiome [IF:15.5]
① 相比换水养殖系统（WES），生物絮团养殖系统（BFS）可显著提高对虾成活率、产量及肠菌稳定性参数，且移植絮团虾粪菌也提高对虾副溶血弧菌侵染抗性；② 移植BFS组的肠菌可增加对虾菌群的稳定性和抗性，提高肠道副球菌属、黄杆菌科和微杆菌属等相对丰度，降低弧菌相对丰度；③ 添加絮团虾肠菌富集液可提高幼虾肠道饱满度、养殖后存活率和侵染后存活率；④ 基于识别的富集物种构建合成菌群，也可增加其对副溶血弧菌侵染抗性，促进对虾的健康。
【主编推荐语】凡纳滨对虾是世界三大对虾养殖品种之一，但病害频发导致它的产量和质量都不稳定，成为制约对虾养殖业发展的瓶颈。近日，宁波大学张德民、郭海朋及团队在Microbiome发表最新研究，通过换水养殖系统（WES），生物絮团养殖系统（BFS）评估其对对虾成活率、产量及肠菌稳定性参数的影响。发现移植絮团虾粪菌可显著提升对虾的抗弧菌侵染能力，增加其肠道菌群的稳定性。此外，基于絮团虾肠道显著富集的鲁杰氏菌、副球菌、微杆菌等属类群构建了合成菌群。将合成菌群添加后能很好的定植在对虾肠道中，增强肠道细菌群落的稳定性，显著提升对虾的消化、免疫和抗病性能，值得关注。（@九卿臣）
Gut bacterial consortium enriched in a biofloc system protects shrimp against Vibrio parahaemolyticus infection
2023-10-19, doi:10.1186/s40168-023-01663-2
生物絮团养殖系统 副溶血性弧菌 研究论文 基础研究 肠道菌群 对虾成活率 肠道饱满度 合成菌群 动物实验 Haipeng Guo Xuezhi Fu Demin Zhang
赞 评论 收藏

农科院：黄麻纳米纤维素对蜜蜂病毒感染及肠道紊乱具有保护作用

ACS Nano [IF:17.1]
① 以蜜蜂为模型生物，采用一种典型的蜜蜂RNA病毒以色列急性麻痹病毒（IAPV），评估纳米纤维素晶体（NCC）在抗病毒的效果；② 在实验室和田间，通过给感染IAPV的蜜蜂喂食不同剂量的黄麻NCC（JNCC），发现JNCC可减少IAPV增殖，改善肠道健康；③ JNCC可显著增加核心肠道细菌Snodgrassella alvi和Lactobacillus Firm-4的丰度；④ JNCC会促进脂肪酸和不饱和脂肪酸合成，加速嘌呤代谢，增加抗IAPV感染的抗菌肽和与Wnt和凋亡信号通路相关的基因表达。
【主编推荐语】蜜蜂作为农业中重要的作物传粉昆虫和科学研究的模式生物，是肠道微生物群研究的理想模型系统。同时，由于病毒的威胁，蜜蜂的种群数量正在逐年下降，目前尚无有效的治疗药物。近日，中国农业科学院侯春生及团队在ACS Nano发表最新研究，通过蜜蜂模型，发现黄麻纳米纤维素对蜜蜂病毒感染及肠道紊乱具有保护作用。总之，该研究为黄麻纳米纤维素作为一种潜在的抗病毒感染的候选药物，提供了理论依据，值得关注。（@九卿臣）
Jute (Corchorus olitorius L.) Nanocrystalline Cellulose Inhibits Insect Virus via Gut Microbiota and Metabolism
2023-10-31, doi:10.1021/acsnano.3c06824
纳米纤维素 蜜蜂 研究论文 基础研究 纳米材料 抗病毒 肠道菌群 代谢调控 脂肪酸合成 动物实验 Yanchun Deng Xiai Yang Jiquan Chen Sa Yang Chunsheng Hou
赞 评论 收藏

菌群是否真的与蜜蜂的社会行为模式相关？

Microbiome [IF:15.5]
① 7个属，16种蜜蜂的肠道和腹部菌群组成无显著差异；② 群居蜜蜂基于垂直传播，拥有较保守的肠道微生物组，但其组成在密切相关的物种中各不相同；③ 独居的兰花蜂拥有更多变的肠道菌群，它们中舌部短、季节性强的物种基于访花习性，菌群多样性增加；④ 无刺蜜蜂缺乏被认为早于群居性的细菌属，而兼具群居和独居性的蜜蜂物种却拥有这些细菌类群；⑤ 几乎所有蜂种都表现出一定范围的对“社会相关”细菌类群的亲和力，出乎意料地证明高序列变异。
【主编推荐语】Microbiome近期发表的文章， 研究了社会行为不同，群居或独居的蜜蜂种群间肠道和全腹部样本微生物组间的异同，探讨了特定菌群是否能促成相似的社会行为，或者具有相似社会行为的蜜蜂之间可以进行细菌的水平传播。（@好雨）
Neotropical bee microbiomes point to a fragmented social core and strong species-level effects
2023-07-14, doi:10.1186/s40168-023-01593-z
社会行为 微生物组 研究论文 Jordan G Kueneman
赞 评论 收藏

中山大学：宿主和栖息地如何影响植食性真蝽的微生物群落？

Microbiome [IF:15.5]
① 为探索植食性真蝽与其共生微生物之间的共生模式，研究人员对9个超科32科209种真蝽进行了采样，调查共生微生物群落；② 宿主主要影响共生微生物群落的优势细菌，而栖息地通常影响次要细菌；③ 此后对优势细菌进行了祖先状态重建，发现优势细菌在白垩纪早期发生了戏剧性的替换，并随着昆虫家族的辐射形成了新的稳定共生关系；④ 相反，共生真菌是水平传播的，这使得真菌群落在不同的栖息地中是不同的，与宿主没有显著的关系。
【主编推荐语】真蝽（异翅目）几乎占据了所有已知的昆虫生态位。其中，作为一个包含30000多个物种的群体，植食性真蝽对农业和林业生态系统的影响越来越大。中山大学的谢强团队在Microbiome发表文章，宿主和栖息地对植食性真蝽的微生物群落影响不同，共生细菌群落既受宿主和栖息地的影响，但方式不同。然而，共生真菌群落主要受栖息地的影响，而不受宿主的影响。（@章台柳）
Different roles of host and habitat in determining the microbial communities of plant-feeding true bugs
2023-11-07, doi:10.1186/s40168-023-01702-y
昆虫 微生物群落 栖息地 宿主 Zi-Wen Yang Qiang Xie
赞 评论 收藏

国内团队：AnimalMetaOmics用于研究动物微生物遗传多样性和基因功能的多组学数据库

Nucleic Acids Research [IF:14.9]
① AnimalMetaOmics数据库注释了581种动物55898个微生物基因组，含42924个细菌、12336个病毒、496个古菌和142个真菌基因组；② 共含超1.1亿条基因功能信息，包括580万个碳水化合物酶和950万个抗生素抗性基因；③ 分析了31种动物321个宏转录组和4种动物326个宏蛋白质组，及679种细菌和13种古菌的泛基因组动力学和组成；④ 该数据库可用于比较微生物基因组、微生物组成和基因功能的跨宿主/样本位点，有助于探索菌群的分类、功能和生物学多样性。
【主编推荐语】动物微生物在宿主中扮演着重要的角色，其多样性已经成为研究人员极感兴趣的焦点。随着高通量测序技术的迅猛发展，公共数据库中的动物微生物组数据迅速增加。然而，由于数据的庞大和分散性质，研究人员常常难以充分挖掘、比较和分析这些数据。近日，石河子大学胡圣伟、倪伟，华中农业大学杨庆勇，新疆农垦科学院周平及团队在Nucleic Acids Research发表最新研究，构建了AnimalMetaOmics数据库，是一个整合宏基因组、宏转录组和宏蛋白质组数据的多组学资源库，为动物微生物组学研究提供了综合资源，值得关注。（@九卿臣）
AnimalMetaOmics: a multi-omics data resources for exploring animal microbial genomes and microbiomes
2023-10-28, doi:10.1093/nar/gkad931
延伸阅读： 【宏基因组】
数据库 动物微生物组 研究论文 基础研究 多组学 微生物组成 基因功能 Ruirui Hu Fulin Li Yifan Chen Chuyang Liu Jiawei Li Ping Zhou Wei Ni Qing-Yong Yang Shengwei Hu
赞 评论 收藏
查看前一期内容（11月10日） | 进入列表筛选 | 查看后一期内容（11月12日）
往期日报 更多>>
今日Science：肠道如何吸收胆固醇？缺失拼图被找到
本期话题：胆固醇，肠道真菌，1型糖尿病，分节丝状菌，免疫-菌群互作，饮食-菌群互作，膳食纤维，SNV，砷，群体感应
2023-11-10
高分Science子刊关注：粪菌移植如何减少耐药菌定植
本期话题：粪菌移植，抗生素耐药性，多重耐药菌，土壤菌群，塑料降解，溶酶体，合成生物学，古宏基因组
2023-11-09
多文聚焦消化系统疾病，仁济医院临床研究登上NEJM
本期话题：消化系统疾病，小肠出血，先天性巨结肠，胃食管反流，EoE，痔疮，噬菌体，肠脑轴，伤寒
2023-11-08
高分Nature子刊：新冠过度炎症与肠道真菌有何关系？
本期话题：新冠，真菌，类器官，肠脑轴，益生菌，IBD，组织修复，黏液层，菌群-免疫互作，精准医疗，心血管
2023-11-07
胰岛素太高可促胰腺癌？高分Cell子刊揭示原因
本期话题：胰腺癌，胃癌，肿瘤肝转移，大肠癌，纳米医学，环状RNA，肿瘤疫苗，预后，肺癌
2023-11-06
如何推动饮食健康可持续发展？Lancet发出倡议
本期话题：可持续饮食，饮食模式，营养流行病学，钾，红肉，糖尿病，超加工食品，膳食脂肪，促炎饮食。
2023-11-05
10文聚焦：新方法新资源，助菌群研究更上一层楼
本期话题：生信，方法学，数据库，菌群成像，相对丰度，宏基因组，宏转录组，代谢组，因果推断，GWAS
2023-11-04
时间与量：如何用吃辅助疾病治疗？
本期话题：限时进食，周期性禁食，热量限制，BMP，肠上皮，细菌代谢，营养缺陷型细菌，微生物生态学
2023-11-03
膳食补充剂能改善痘痘吗？42项临床试验给出证据
本期话题：补充剂，痤疮，衰老，慢性肾病，疼痛，抗寄生虫免疫，微生物生态学，淀粉样原纤维，菌群代谢，生物材料
2023-11-02
10月，最值得看的30篇肠道健康文献！
2023年10月，根据“热心肠因子”计算的30篇必读文献。
2023-11-01
热心肠研究院
首页 CHINAGUT 热心肠智库 会议
热心肠日报 肠道产业 演播室 热心肠周刊
肠·道演讲 热心肠先生原创 奖学金 热心肠学术
关于我们
研究院动态 品牌产品和项目 关注我们 联系我们
热心肠周刊
北京热心肠生物技术研究院有限公司          © 2017-2023 京ICP备18003096号-3