Lancet子刊:利用组织病理学信息,绘制结肠癌的分子空间图谱

Lancet Digital Health [IF:36.615]
① 开发切片图像到图状结构数据的转化策略并构建预测模型,用于预测含基因突变、拷贝数改变和蛋白表达的跨水平分子谱;② 用TCGA-COAD队列中459个结肠肿瘤切片图像训练模型,并用TCGA-READ、CPTAC-COAD队列中共326个结直肠肿瘤切片图像进行验证;③ 模型可预测TCGA-COAD、TCGA-READ队列的基因突变分子类别、拷贝数改变基因、微卫星不稳定性(MSI)及蛋白质表达;④ 模型可预测CPTAC-COAD 队列的基因突变分子类别、拷贝数改变基因和MSI。
【主编推荐语】研究显示,基于深度学习构建模型,能够直接从结肠癌的组织病理学图像中预测微卫星不稳定性和遗传驱动突变,但这些研究都只是单独分析图像信息,而忽略了组织切片之间的空间关联的重要性。Lancet Digital Health近期发表的文章,开发出肿瘤的空间感知图神经网络,能够预测结肠癌的分子图谱分布,并可推广到直肠癌。该方法可用于推断多尺度分子生物标志物的预后价值,并确定结肠癌患者的靶向治疗。(@章台柳)
Spatially aware graph neural networks and cross-level molecular profile prediction in colon cancer histopathology: a retrospective multi-cohort study
2022-11-01, doi:10.1016/S2589-7500(22)00168-6

国内团队:癌症微环境中细菌的转录图谱数据库

Nucleic Acids Research [IF:19.16]
① 使用TCGA miRNA测序数据,评估了32种癌症中的细菌丰度;② 通过sRNAnalyzer将非人类基因组序列与细菌参考基因组进行比对,并对32种癌症类型的每个分类等级进行合并;③ 对不同癌症类型细菌的相对丰度和多样性进行比较,开发出癌症微环境中细菌转录图谱的BIC数据库;④ BIC数据库包括细菌的相对丰度、细菌多样性、细菌组成、临床相关性、细菌共丰度网络、细菌相关的人类基因表达网络和细菌相关的生物学功能;⑤ BIC网址:http://bic.jhlab.tw/
【主编推荐语】肿瘤微环境中的细菌到底扮演何种角色,目前知之甚少。近期中国台湾学者在Nucleic Acids Research杂志上发表了一项研究,建立了基于多种癌症转录组数据的BIC数据库,能全面表征不同癌症微环境中的细菌转录图谱,用户可以方便地查询和浏览分析结果,或下载细菌表达矩阵进行进一步分析。该数据库极大地促进了对细菌在肿瘤微环境中的功能和机制的探索,为深入了解微生物在癌症中扮演的角色提供了宝贵资源。(@青城昊)
BIC: a database for the transcriptional landscape of bacteria in cancer
2022-10-20, doi:10.1093/nar/gkac891

口服抗生素可显著减少选择性结直肠手术后的感染

British Medical Journal [IF:93.333]
① 招募926例进行选择性结直肠手术的患者(平均63岁),1:1随机分组,口服预防组术前12小时单次口服1克抗生素奥硝唑作为辅助抗菌治疗,对照组服用安慰剂,两组术前均静脉注射抗生素;② 术后30天内,与对照组相比,口服预防组手术部位发生感染的风险降低40%(13% vs. 22%);③ 口服预防组深部感染、器官间隙感染的风险分别降低40%(4.8% vs. 8.0%、5.0% vs. 8.4%);④ 口服预防组术后重大并发症发生风险降低33%(9.1% vs. 13.6%)。
【主编推荐语】手术部位感染是手术常见并发症,在接受结直肠手术的患者中发生率可高达26%。指南建议结直肠手术应当使用静脉注射抗生素预防手术部位感染,近来也有研究指出在静脉注射抗生素的基础上辅助使用口服抗菌药物可以提高预防感染的效果,但尚缺乏明确证据证明其临床益处。法国克莱蒙费朗大学Emmanuel Futier及其团队近日在British Medical Journal发表最新临床试验结果,表明在接受选择性结直肠手术的成年人中,与安慰剂相比,术前口服单剂量1g的奥硝唑作为静脉抗生素预防的辅助药物,可以显著减少术后30天的手术部位感染。(@芥末)
Effect of oral antimicrobial prophylaxis on surgical site infection after elective colorectal surgery: multicentre, randomised, double blind, placebo controlled trial
2022-11-03, doi:10.1136/bmj-2022-071476

近40万人数据,憩室病增加患癌风险

JNCI-Journal of the National Cancer Institute [IF:13.506]
① 纳入瑞典全国性队列中75704例经结直肠组织病理学诊断的憩室病患者,以及313480例匹配的普通人群参考个体,研究憩室病对癌症风险的影响;② 中位随访时间6年,憩室病患者中有12846例癌症(24.5/1000人年),普通人群中有43354例癌症(18.1/1000人年);③ Cox比例模型表明,校正教育水平、各类共病等风险后,憩室病与总体癌症风险增加33%相关;④ 与普通人群相比,憩室病患者患结肠癌、肝癌、胰腺癌和肺癌的风险分别增加71%、72%、62%和50%。
【主编推荐语】憩室病是指胃肠道任何一部分向外的囊状突起,常发生在大肠。憩室病较常见,大多数情况下没有症状,部分患者可能出现腹痛、腹泻、出血。已有研究表明,憩室病与结直肠癌风险增加有关。但憩室病与总体和特定癌症长期风险的关系尚不明确。近日,瑞典卡罗林斯卡学院Jonas F. Ludvigsson及其团队在Journal of the National Cancer Institute上发表文章,在瑞典全国性基于人群的匹配队列研究中发现憩室病患者的癌症总体风险以及结肠癌、肝癌等特定癌症的风险均显著增加。(@芥末)
Cancer risk in patients with diverticular disease: a nationwide cohort study
2022-10-06, doi:10.1093/jnci/djac190

近590万人数据,不良的牙齿健康增加患胰腺癌风险

British Journal of Cancer [IF:9.075]
① 纳入瑞典牙科登记队列中5889441名参与者,基线时平均年龄53.7岁,平均随访7.2年,共发生10081例胰腺癌;② 约30%参与者有牙齿健康问题,其中超过1/3患有牙周炎;③ 50岁以下人群中,轻度牙齿炎症、牙周炎、根管感染患者的胰腺癌风险分别比牙齿健康者增加35%、56%、58%;④ 50-70岁人群中,只有牙周炎患者患胰腺癌风险增加20%,70岁以上人群的牙齿健康状况与胰腺癌风险无关;⑤ 牙齿较少的个体患胰腺癌风险较高,且与年龄无关。
【主编推荐语】胰腺癌是恶性程度最高的癌症之一,5年生存率低于9%,预计全球未来胰腺癌的新发病例和死亡人数将持续增加。口腔沟通了胃肠道和外部环境,口腔卫生直接影响个体的微生物群与健康。已知口腔菌群与牙齿炎症等牙周病息息相关,且与心脏病、糖尿病、特定癌症的发病率升高有关。近日,福建医科大学的叶为民教授、瑞典卡罗林斯卡学院Jingru Yu等人在British Journal of Cancer发表文章,在近590万人的瑞典牙科健康队列的7.2年随访中,发现不良的牙齿健康可增加胰腺癌风险。(@芥末)
Poor dental health and risk of pancreatic cancer: a nationwide registry-based cohort study in Sweden, 2009–2016
2022-10-22, doi:10.1038/s41416-022-02018-8
解析衰老之谜,寻觅抗老新方!12文聚焦研究前沿
本期话题:衰老,人体菌群,骨骼肌,肠道通透性,花色素苷,辟谷精,遗传学,PD-1/PD-L1,生活方式
2022-11-06
1.2万人随访20年:潘安等解析饮食与健康老龄化的关系
本期话题:饮食与健康,老龄化,促炎饮食,喝茶,饮酒,营养流行病学,蔬菜,未加工红肉
2022-11-05
31分Cell子刊:深度解析人类小肠菌群的动态变化
本期话题:小肠菌群,选择性消化道去污,肠-肌肉轴,群体感应,致病菌,细菌代谢,TMAO
2022-11-04
郭春君等Nature突破:膳食纤维调控免疫的新机制
本期话题:膳食纤维,2型炎症,类风湿性关节炎,压力,疾病诊断,胆汁酸,结肠炎,心血管,细菌定植
2022-11-03
今日Cell双发:婴儿肠道菌群+国内肠脑轴研究,再获新突破!
本期话题:长双歧杆菌,肠脑轴,抑郁,人参皂苷,进食调控,肠肾轴,T1D,类风湿性关节炎,寄生虫,肥胖
2022-11-02
10月,最值得看的35篇肠道健康文献!
2022年10月,根据“热心肠因子”计算的35篇必读文献。
2022-11-01
Nature背靠背:如何更好地理解大肠癌肿瘤异质性?
本期话题:肿瘤异质性,演化,脂质,结直肠癌,SIRT5,胰腺癌,纳米药物,胃癌/食管癌,抗肿瘤免疫,早老蛋白
2022-10-31
植物性ω-3脂肪酸是否有益心衰?27分研究提供新证据
本期话题:ω-3脂肪酸,维生素D,微量元素,蔗糖,低碳水饮食,杏仁,鱼,饮食汞,医用定制餐
2022-10-30
聚焦IBS:一种细菌产物或为治疗打开新思路
本期话题:IBS,细菌脂肽,内源性大麻素,遗传,饮食干预,疾病亚型,肠道菌群,经皮穴位电刺激,美沙拉嗪,薄荷油,FMT
2022-10-29
曹议匀等Science突破:深度解析促癌肠菌的新型基因毒素
本期话题:促癌细菌,基因毒素,胰腺癌,药物递送,肿瘤菌群,β细胞,免疫耐受,生信,MAG
2022-10-28