陈卫院士/陆文伟等新成果：用肠道菌群助力个性化健康状态监测

陈卫院士+陆文伟：用于个性化健康状况监测的肠道菌群统计模型

① 基于92个微生物类群开发统计监测模型，并通过多研究队列和验证队列证明模型的有效性；② 研究和验证队列的平衡精度和AUC分别为0.7132、0.7026和0.80、0.76；③ 健康人群中可确定四种健康模式，且这些模式中的物种组成和代谢功能具有差异；④ 健康人群中，健康指数（hiPCA）与香农多样性和物种丰富度显著相关，而患病人群中，hiPCA与年龄、物种丰富度和功能冗余显著相关；⑤ 细菌对hiPCA的贡献谱分析可实现个性化诊断并确定疾病相关的物种。

Statistical modeling of gut microbiota for personalized health status monitoring

2023-08-18, doi:10.1186/s40168-023-01614-x

肠道菌群个体化医疗 Wenwei Lu Jinlin Zhu Wei Chen

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王四宝等Nature子刊：蚊子肠道共生菌可利用胞外囊泡杀死疟原虫

Nature Communications [IF:16.6]

① 蚊虫肠道共生菌解脲沙雷氏菌Su_YN1会在其肠道内产生大量的外膜囊泡（OMVs），Su_YN1分泌的AmLip蛋白并非游离存在，而是倾向与OMV结合形成OMV-AmLip复合物；② 在人和其它哺乳动物等宿主血液诱导下，产生的OMV会含有一些宿主血清脂质成分（如磷脂酰胆碱）；③ 富含PC的OMV能够通过疟原虫的磷脂酰胆碱摄取途径被快速、特异地摄取进入疟原虫体内；④ 被携带的脂肪酶AmLip会转运到疟原虫细胞，实现对疟原虫的特异性靶向杀灭作用。

Outer membrane vesicles from a mosquito commensal mediate targeted killing of Plasmodium parasites via the phosphatidylcholine scavenging pathway

2023-08-24, doi:10.1038/s41467-023-40887-6

延伸阅读：【中国科学院分子植物卓越中心】

疟蚊蚊媒疾病研究论文基础研究肠道共生菌细胞外囊泡寄生虫磷脂酰胆碱脂肪酶AmLip 动物实验 Han Gao Yongmao Jiang Lihua Wang Sibao Wang

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丁侃团队：肠菌降解膳食纤维二糖的分子机制

Gut Microbes [IF:12.2]

① 以纤维二糖作为促进人类肠道关键成员如卵形拟杆菌（BO）生长为模型，阐明BO降解纤维素的分子机制；② BO新型多糖利用位点参与纤维二糖的捕获和降解；③ BO细胞表面的两种新型纤维素酶BACOVA_02626 GH5和BACOVA_02630 GH5将纤维二糖降解为葡萄糖；④ BACOVA_02626 GH5和BACOVA_02630 GH5的预测结构与土壤细菌的纤维素酶高度同源，催化残基高度保守且有两个谷氨酸残基；⑤ 小鼠实验中，纤维二糖可重塑肠道菌群的组成并改变细菌的代谢功能。

The claim of primacy of human gut Bacteroides ovatus in dietary cellobiose degradation

2023-06-22, doi:10.1080/19490976.2023.2227434

延伸阅读：【中科中山药物创新研究院】

肠道菌群膳食纤维纤维素酶卵形拟杆菌纤维二糖 Kan Ding Meixia Li Yeqing Wang

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Nature子刊：营养和宿主环境决定肠道合成菌群的群落生态和关键物种

Nature Communications [IF:16.6]

① 使用体外分批培养法分析了OMM12合成菌群在不同培养基中的群落组成，发现细菌菌株关系在不同标准培养基间差异很大；② 葡萄糖和多糖培养环境可驱动基石物种组成，pH和代谢环境改变可影响剔除物种的新合成菌群组成；③ 环境依赖性基石物种对不同培养环境具有应变关系，其机制包括对多糖的获取及细菌素的产生，且物种关系不能在多个不同营养环境中转移；④ 剔除物种后可影响肠道对菌群组装的特异性，总细菌负荷、代谢特征和宿主生理学的变化。

Nutritional and host environments determine community ecology and keystone species in a synthetic gut bacterial community

2023-08-08, doi:10.1038/s41467-023-40372-0

关键物种营养和宿主环境研究论文基础研究合成菌群培养基应变关系体外试验 Bärbel Stecher Anna S Weiss

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南昌大学：绿原酸通过肠道菌群改善感染后肠易激综合征

Advanced Science [IF:15.1]

① 感染后肠易激综合征（PI-IBS）大鼠模型中，肠道菌群发生显著改变，特别是产酸拟杆菌丰度显著降低，与PI-IBS症状密切相关；② 绿原酸（CGA）直肠给药或给予CGA的大鼠粪菌群移植均能够增加实验鼠产酸拟杆菌和甘氨酸丰度，减轻PI-IBS病症；③ 甘氨酸通过诱导产酸拟杆菌细胞外囊泡形成，在体外恢复结肠上皮屏障功能，二者联用能缓解大鼠PI-IBS；④ 甘氨酸通过改变产酸拟杆菌细胞外囊泡的蛋白质谱，改变其生物学功能，进一步改善大鼠PI-IBS病症。

Chlorogenic Acid Ameliorates Post-Infectious Irritable Bowel Syndrome by Regulating Extracellular Vesicles of Gut Microbes

2023-08-24, doi:10.1002/advs.202302798

绿原酸感染后肠易激综合征肠道菌群甘氨酸菌群细胞外囊泡研究论文医学研究啮齿动物（小鼠）大鼠模型感染后IBS（PI-IBS） Cihua Zheng Jun Luo Wei Xu

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二甲双胍对肠菌和认知功能变化有何影响？（综述）

Endocrine Reviews [IF:20.3]

① T2D与记忆力、执行功能受损和痴呆风险增加有关，二甲双胍通过减少糖化终产物、炎症和预防代谢综合征发生等途径对认知功能有益；② 二甲双胍会影响T2D患者肠菌、功能和代谢物组成，也会影响终末期患者肠菌组成，使其与非T2D患者肠菌组成相似；③ 部分研究证明二甲双胍对记忆力、注意力和执行功能有积极影响，但也有研究表明二甲双胍会增加轻度认知障碍风险；④ 未来，有必要将人类粪便菌群移植到小鼠体内验证二甲双胍的作用机制和研究结果。

Metformin, cognitive function, and changes in the gut microbiome

2023-08-21, doi:10.1210/endrev/bnad029

二甲双胍认知功能基础研究肠道菌群痴呆风险菌群移植轻度认知障碍综述糖尿病 José Manuel Fernández-Real Marisel Rosell-Díaz

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肠道菌群或可作为吗啡戒断的治疗靶点

Gut Microbes [IF:12.2]

① 吗啡引起的肠道菌群生态失调在吗啡戒断期间部分恢复，但α和β多样性及革兰阳性菌的丰度仍减少；② 戒断后的菌群仍持续受到破坏，其程度决定戒断症状的严重程度；③ 抗生素预处理和去除药物时的抗生素处理均改变小鼠机体的戒断反应；④ 缺乏菌群的无菌小鼠中未出现躯体戒断症状；⑤ TLR2而非TLR4敲除的小鼠中，吗啡躯体戒断症状减轻，表明肠道菌群通过革兰氏阳性、TLR2介导的机制驱动吗啡戒断行为。

The gut microbiome contributes to somatic morphine withdrawal behavior and implicates a TLR2 mediated mechanism

2023-08-17, doi:10.1080/19490976.2023.2242610

Bridget Truitt Sabita Roy

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母乳中营养和微生物互作对婴儿肠菌发育有何影响？

Gut Microbes [IF:12.2]

① 通过定量菌群分析、高效液相色谱及核磁共振技术，在3个时间点分析了69对母婴的婴儿粪便菌群组成、代谢物组成和母乳成分；② 产后1和3个月母乳中90%的母乳寡糖含岩藻糖，且婴儿粪便中监测到岩藻糖、1,2-丙二醇和乳酸盐的累积，提示该发酵过程可能由双歧杆菌驱动；③ 纯母乳喂养婴儿粪便中消化链球菌丰度较低，体外实验证明乳酸盐对其具有抗菌活性；④ 母乳喂养不仅会指导发酵活动，而且发酵代谢物本身也会影响肠道微生物群的组成。

Breastfeeding and the major fermentation metabolite lactate determine occurrence of Peptostreptococcaceae in infant feces

2023-08-18, doi:10.1080/19490976.2023.2241209

母乳喂养生命早期研究论文基础研究代谢物母乳寡糖发酵过程双歧杆菌消化链球菌体外试验人群样本 Lucía Huertas-Díaz Clarissa Schwab

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Cell子刊：多形拟杆菌在小鼠肠道定植过程中的动态遗传适应性

Cell Reports [IF:8.8]

① 将多形拟杆菌(Bt)及其转座子文库肠道定植于无菌小鼠，并评估其在定植过程中适应性的时间动态；② Bt肠道定植早期到第一周，基因表达由氨基酸生物合成向糖代谢转变，且随后集中在多糖利用位点(PUL)表达上调；③ PUL位点负责降解小鼠标准饲料中富含的棉籽糖家族寡糖；④ 资源利用的变化伴随Bt定位从粘液到管腔；⑤ 野生型Bt的自发突变也围绕PUL基因座进化，表明高效糖代谢对其长期定植的重要性；⑥ Bt在肠道定植过程中与宿主的相互作用相对一致。

Dynamic genetic adaptation of Bacteroides thetaiotaomicron during murine gut colonization

2023-08-19, doi:10.1016/j.celrep.2023.113009

Megan S Kennedy Manjing Zhang Eugene B Chang

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iMeta：宁康+田埂等开发在线微生物关联分析平台

iMeta [IF:N/A]

① MicroEXPERT平台的整体框架由数据管理模块、数据处理模块、宏基因组范围关联研究模块（MWAS）、数据查询模块和数据可视化模块组成；② MicroEXPERT平台为庞大的宏基因组数据提供了高效的数据管理系统；③ 其整合了现有数据搜索流程，将基因搜索、物种识别和样本搜索进行统一整合；④ 还整合了大量的统计方法用于宏基因组范围的关联分析（MWAS）；⑤ 作者还开发与MWAS配套的交互式界面，允许用户定制化进行MWAS分析并展示MWAS的结果。

MicroEXPERT: Microbiome profiling platform with cross-study metagenome-wide association analysis functionality

2023-08-17, doi:10.1002/imt2.131