柑橘皮中或许藏着改善肥胖和代谢的新型益生元

中国药科大学团队：柑橘多甲氧基黄酮或是改善代谢综合征的益生元

① 柑橘的多甲氧基黄酮提取物（PMFE）对细胞无毒性，可通过mTOR/P70S6K/SREBP通路降低脂质积累；② 在高脂喂养（HFD）的小鼠中，PMFE可抑制代谢综合征（MetS）、减轻肠道菌群失调、改善MetS相关的支链氨基酸（BCAA）代谢异常；③ 小鼠的抗生素处理和粪菌移植实验证明，PMFE的代谢保护作用依赖于肠道菌群；④ PMFE可富集肠道菌群中的卵形拟杆菌，给HFD小鼠灌胃这种菌可减轻肥胖和MetS、降低BCAA水平。

Citrus polymethoxyflavones attenuate metabolic syndrome by regulating gut microbiome and amino acid metabolism

2020-01-03, doi:10.1126/sciadv.aax6208

延伸阅读：【麦特绘谱】

代谢综合征多甲氧基黄酮提取物柑橘支链氨基酸肠道菌群卵形拟杆菌潜在益生菌潜在益生元 Ping Li Jing Li E-Hu Liu Su-Ling Zeng

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张发明团队：粪菌移植进入洗涤菌群移植时代

Protein & Cell [IF:15.328]

① 中国菌群移植平台的数据表明，洗涤菌群移植（WMT）对比传统的手工制备FMT，总不良反应发生率在炎症性肠病（IBD）中显著下降；② 本研究首次报道以洗涤菌群数量为衡量指标的剂量和计量依据；③ 以小鼠腹腔注射粪菌上清液作为副反应的放大器，表明离心洗涤次数是影响粪菌毒性的重要因素；④ 宏基因组测序和质谱分析发现，离心洗涤的过程去除了某些病毒和促炎代谢产物，再次支持WMT的安全性。

Washed microbiota transplantation vs. manual fecal microbiota transplantation: clinical findings, animal studies and in vitro screening

2020-01-09, doi:10.1007/s13238-019-00684-8

粪菌移植 Fecal microbiota transplantation washed microbiota transplantation Adverse event Safety infection virus metabolomics spectroscopy transplant 洗涤菌群移植不良事件安全性 Faming Zhang Ting Zhang Gaochen Lu Zhe Zhao

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基于粘膜菌群负荷预测克罗恩病患者对粪菌移植的应答

EBioMedicine [IF:11.205]

① 收集克罗恩病患者的肠道粘膜组织，在体外与健康供体的粪便悬浮物（FS）共培养；② 相比于非炎症粘膜组织，克罗恩病患者的炎症粘膜组织的细胞因子释放及组织损伤显著增强；③ 初始菌群负荷较低的的粘膜样本在共培养后，菌群群落更趋近于供体的FS，并表现出更高的抗炎症因子IL-10的释放；④ 抗生素处理降低小鼠的细菌负荷，可促进粪菌移植后供体菌群在粘膜的定殖，并触发IL-10应答；⑤ 粘膜菌群负荷或可作为粪菌移植治疗克罗恩病的患者分层依据。

Mucosal microbial load in Crohn's disease: A potential predictor of response to faecal microbiota transplantation

2020-01-03, doi:10.1016/j.ebiom.2019.102611

克罗恩病 Intestinal microbiome CROHN'S DISEASE FMT Recipient stratification microbial load Anti-inflammatory cytokines 粪菌移植生物标志物 Chaysavanh Manichanh Guillaume Sarrabayrouse

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中科院深圳先进院：群体规模的微生物组分层和关联分析的新工具

Genome Biology [IF:17.906]

① 本研究结合mapper算法和网络富集分析，开发基于拓扑学数据分析的tmap软件，提供了整合大规模人群微生物组数据的分析框架；② tmap将高维微生物组数据转化为拓扑学网络结构，用于微生物组的人群分层及相关性分析；③ 通过4个数据集的分析验证，与传统的线性方法相比，tmap都表现更好，对非线性关联及潜在规律都有较好的识别；④ tmap可融合不同来源的微生物组及其宿主表型的医疗健康大数据，是目前微生物组数据共享和整合的创新性方法。

tmap: an integrative framework based on topological data analysis for population-scale microbiome stratification and association studies

2019-12-23, doi:10.1186/s13059-019-1871-4

微生物组分析工具 Microbiome-wide association analysis Topological data analysis Population-scale microbiome Microbiome stratification Nonlinear association Enterotype analysis 全微生物组关联分析拓扑数据分析非线性关联 Guoping Zhao Haokui Zhou Tianhua Liao Yuchen Wei

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antiSMASH数据库2—次级代谢物基因簇预测

Nucleic Acids Research [IF:19.16]

① antiSMASH既是数据库，也是可以使用数据库的软件；此文是对数据库更新的描述，最新版为2.0；而调用数据库分析和可视化的软件目前版本为4.0；② antiSMASH可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测；③ 本次更新数据库版本2包含6,200个完整细菌基因组和18,576个细菌草图基因组的注释，较上一版数据量提高了6倍；④ 支持在线 https://antismash-db.secondarymetabolites.org/ 和本地分析。

The antiSMASH database version 2: a comprehensive resource on secondary metabolite biosynthetic gene clusters

2018-10-17, doi:10.1093/nar/gky1060

延伸阅读：【菌探Momics】【宏基因组】

antiSMASH数据库次级代谢产物预测注释基因簇 Kai Blin Tilmann Weber

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肠道共生菌通过代谢物抑制霍乱弧菌感染

Microbiome [IF:16.837]

① 用克林霉素清除小鼠肠道菌群中的拟杆菌门细菌，会增加小鼠对霍乱弧菌感染的易感性，粪菌移植试验证实该现象由菌群介导；② 普通拟杆菌是小鼠肠道拟杆菌门的优势菌种，给无菌小鼠定植这种菌可以抵抗霍乱弧菌感染；③ 代谢组学分析发现，克林霉素处理后，抑制霍乱弧菌生长的短链脂肪酸等代谢物会减少，而促进其生长的物质会增加；④ 应用克林霉素后的成年小鼠，是研究霍乱弧菌发病机理的理想模型。

Commensal-derived metabolites govern Vibrio cholerae pathogenesis in host intestine

2019-09-14, doi:10.1186/s40168-019-0746-y

延伸阅读：【微生态】

定植抵抗 Vibrio cholerae Gut microbiota colonization resistance short-chain fatty acids metabolomics Bacteroides Vulgatus Clindamycin Amino sugars 霍乱肠道感染霍乱弧菌普通拟杆菌肠道菌群代谢产物克林霉素 Mi Young Yoon Sang Sun Yoon Jin Sun You Ji Hyun Yong

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深圳技术大学团队：空气污染引发肠道疾病的可能机制（综述）

Free Radical Biology and Medicine [IF:8.101]

① 空气污染与阑尾炎、IBD、结直肠癌等肠道疾病的发病率相关；② 空气污染可能通过诱导活性氧产生、诱导氧化脂质代谢相关基因的表达等方式，促进促炎症性氧化脂质（主要包括氧化磷脂、多不饱和脂肪酸的氧化代谢产物）的产生；③ 在小鼠实验中发现，空气污染可改变肠道菌群的多样性及组成，并与肠道疾病相关；④ 空气污染介导的肠道菌群变化可能影响脂代谢，肠道菌群代谢产生的短链脂肪酸及胆汁酸等在脂代谢中起重要调节作用。

Impact of air pollution on intestinal redox lipidome and microbiome

2020-01-02, doi:10.1016/j.freeradbiomed.2019.12.044