46.8分综述详解：基于肠道菌群的疾病标志物

Nature Reviews：基于肠道菌群的疾病标志物（综述）

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology [IF:73.082]

① 炎症性肠病（IBD）和2型糖尿病（T2DM）之间存在一些共性，相关的肠道菌群及宿主处理细菌衍生代谢物的变化，是共同的潜在致病机制；② 通过悉生小鼠实验和多组学研究，建立菌群紊乱与IBD或T2DM之间的因果关系；③ 疾病特生物标志物发现的挑战包括确定变化的因果关系，理解疾病机制中的功能冗余、肠道菌群的地理和种族异质性；④ 识别疾病生物标志物，需要对特定菌株、其编码基因和代谢产物进行大数据细化、测试和验证。

Microbiome risk profiles as biomarkers for inflammatory and metabolic disorders

2022-02-21, doi:10.1038/s41575-022-00581-2

延伸阅读：【生物医学科研之家】

菌群标志物炎症性肠病 2型糖尿病肠道菌群 Dirk Haller Amira Metwaly

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重度抑郁症、双相情感障碍和精神分裂症患者的肠道菌群变化（综述）

Molecular Psychiatry [IF:13.437]

① 纳入44项研究（共包含2510例精神疾病患者和2407名对照）；② 没有强有力的证据证明精神疾病患者的肠道菌群α-多样性发生了显著变化，但不同研究均报道了精神疾病患者的肠道菌群组成（β-多样性）与对照的一致差异；③ 与对照比，精神疾病患者的特定细菌分类群的丰度发生显著变化，产短链脂肪酸菌属的水平较低，产乳酸菌属、谷氨酸及GABA代谢相关细菌的水平较高；④ 不同研究之间的方法学和报告存在很大的异质性。

A systematic review of gut microbiota composition in observational studies of major depressive disorder, bipolar disorder and schizophrenia

2022-02-22, doi:10.1038/s41380-022-01456-3

肠-脑轴综述重度抑郁症双相情感障碍精神分裂症精神疾病 A J McGuinness F N Jacka

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赵方庆团队Nature子刊：促进自闭症的宿主-肠菌互作新机制

Nature Communications [IF:17.694]

① Chd8基因变异与自闭症（ASD）高度相关，构建Chd8+/-小鼠作为ASD模型；② 发现其肠道氨基酸转运体表达增高，促进了血清和脑内的谷氨酰胺水平升高，以及脑内谷氨酸（兴奋性神经递质）水平及神经兴奋/抑制（E/I）比值升高，从而促进ASD样行为；③ 此外，小鼠肠道中α-防御素水平升高，引起以拟杆菌属丰度降低为特征的肠道菌群失调；④ 补充单形拟杆菌可通过降低肠道氨基酸转运体和血清谷氨酰胺水平，来改善小鼠的ASD样行为和大脑E/I平衡。

Changes to gut amino acid transporters and microbiome associated with increased E/I ratio in Chd8+/− mouse model of ASD-like behavior

2022-03-03, doi:10.1038/s41467-022-28746-2

菌群-肠-脑轴自闭症氨基酸转运 You Yu Bing Zhang Peifeng Ji Fangqing Zhao

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刘克玄+李偲：鼠乳杆菌或有助于预防肠道缺血/再灌注损伤

Microbiome [IF:16.837]

① 分析小鼠在肠道I/R后的生存率，发现有些对肠道I/R损伤敏感（Sen），有些有抗性（Res）；② 菌群分析和粪菌移植实验表明，这与肠道缺血前的粪便菌群组成和多样性有关；③ Res小鼠的鼠乳杆菌（Lm）水平大幅高于Sen小鼠，在心肺旁路手术患者中也发现Lm的丰度与术后肠道I/R损伤程度有密切关联；④ 给小鼠补充Lm可预防肠道I/R损伤、改善生存率，这依赖于巨噬细胞的参与；⑤ 体外实验表明，Lm或通过TLR2促进巨噬细胞释放IL-10，以减少肠道I/R损伤。

Lactobacillus murinus alleviate intestinal ischemia/reperfusion injury through promoting the release of interleukin-10 from M2 macrophages via Toll-like receptor 2 signaling

2022-03-03, doi:10.1186/s40168-022-01227-w

肠道缺血/再灌注损伤肠道菌群鼠乳杆菌巨噬细胞 Toll样受体2 IL-10 小鼠 Jingjuan Hu Fan Deng Cai Li Kexuan Liu

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于君团队：肠道代谢物+菌群或可无创诊断大肠癌

Microbiome [IF:16.837]

① 对结直肠癌(CRC)、结直肠腺瘤(CRA)患者和健康者(NC)的粪便进行代谢组学和宏基因组学分析；② CRC相关代谢物在支链氨基酸、芳香族氨基酸和氨酰-tRNA生物合成途径富集；③ 正缬氨酸和肉豆蔻酸显示出从 NC、CRA到CRC的增加趋势；④ 20种代谢物标志物和4种细菌标记物将NC和CRC区分，11种代谢物标志物和6种细菌标志物将CRA与CRC区分；⑤ CRC相关代谢物和细菌之间的关系在CRC不同阶段发生改变；⑥ 代谢物和细菌标志物结合增加诊断结直肠癌和腺瘤的潜力。

Altered gut metabolites and microbiota interactions are implicated in colorectal carcinogenesis and can be non-invasive diagnostic biomarkers

2022-02-21, doi:10.1186/s40168-021-01208-5

结直肠癌肠道代谢物肠道菌群标志物 Olabisi Oluwabukola Coker Changan Liu Jun Yu

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黄秀娟+陈家亮+于君：用粪菌标志物诊断肠道腺瘤复发

Alimentary Pharmacology and Therapeutics [IF:9.524]

① 分析结直肠腺瘤患者的粪便样本（161例基线、104例腺瘤切除后的随访样本），评估4种粪菌标志物（Fn、m3、Ch、Bc）能否检测腺瘤复发；② 相较于基线，复发患者随访时Fn和m3增加、Ch不变，而无复发患者中Fn和m3不变、Ch减少；③ 基于m3、Fn和Ch在随访时相较于基线时的变化，可检测腺瘤复发，AUROC为0.95、敏感性90.0%、特异性87.0%；④ 随访时的m3、Fn和Ch的联合应用（不与基线比较）也可用于诊断腺瘤复发，但表现不如前者。

Novel microbiome signatures for non-invasive diagnosis of adenoma recurrence after colonoscopic polypectomy

2022-02-27, doi:10.1111/apt.16799

菌群标志物复发腺瘤 Jessie Qiaoyi Liang Jun Yu Francis K L Chan Siew Chien Ng

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结肠菌群丰度可预测腺瘤的形成

Annals of Surgery [IF:13.787]

① 纳入104名受试者，46%患有腺瘤，黏膜和粪便样本以厚壁菌门和拟杆菌门为主，口腔中厚壁菌门和变形菌门为主；② 与非腺瘤受试者相比，腺瘤患者粪便α-多样性显著降低，黏膜和口腔多样性两组间无显著差异；③ 粘膜样本构建的分类器可准确预测腺瘤形成（AUC=0.993，OOB=3.2%），其准确性与毛螺菌科、拟杆菌属、Marvinbryantia和Blautia obeum等强相关；④ 粪便和口腔样本构建的分类器错误率较高（为47.3% 和 51.1%），诊断力较差（AUC=0.53）。

Colonic Microbial Abundances Predict Adenoma Formers

2021-10-22, doi:10.1097/SLA.0000000000005261

腺瘤粘膜菌群口腔菌群粪便菌群 Katherine M Watson Christopher A Gaulke V Liana Tsikitis

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近1.3万人数据：不同的疾病，相似的菌群失调特征？

Genome Biology [IF:17.906]

① 开发一个分析流程，比较分析59个疾病队列（28种疾病）的12838人的肠道菌群V4 16S数据；② 鉴定出不同疾病间共有的菌群变化特征（97个ASV减少、31个ASV增多），可能体现了菌群对机体病理状态的一种共性反应；③ 用某个疾病队列训练的分类器可较好地预测其他疾病，而无法区分不同疾病；④ 提出一个通用的菌群失调指数，可在不同疾病中区分病例和对照，或可用于筛选低疾病风险的粪便供体和样本；⑤ 鉴定出一组IBD特异性肠菌，以唾液细菌富集为主。

Meta-analysis defines predominant shared microbial responses in various diseases and a specific inflammatory bowel disease signal

2022-02-23, doi:10.1186/s13059-022-02637-7

肠道菌群失调荟萃分析炎症性肠病菌群标志物 Haya Abbas-Egbariya Yael Haberman Amnon Amir

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菌群与疾病的关联，很多不可靠？

PLoS Biology [IF:9.593]

① 采用大量不同的建模策略，评估肠道菌群-疾病关联的一致性/稳健性，涉及6种疾病、15个队列和2343名个体；② 很多情况下，对于同一个分类群-疾病的配对，不同的建模产生了相互矛盾的关联结果；③ 在已报道的581个微生物-疾病关联中，有1/3是不一致的，>90%的微生物与1型和2型糖尿病的关联是不稳健的；④ 大量潜在的混杂因素（如测序深度、血糖水平、胆固醇、BMI等）可影响菌群关联研究的结果。

Systematically assessing microbiome-disease associations identifies drivers of inconsistency in metagenomic research

2022-03-02, doi:10.1371/journal.pbio.3001556