第2465期：王硕等Cell子刊新进展：2种共生菌或能抗大肠癌
本期话题：大肠癌，组织菌群，瘤内菌群，胆汁酸，IBD，病毒，新冠，哮喘，黑斑息肉综合征，Akk菌，PPI
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03月09日

王硕等Cell子刊：肠道组织内的2种共生菌可促进肿瘤免疫监视，抑制大肠癌

Cell Host and Microbe [IF:31.316]
① 分析大肠癌患者的正常结肠组织、癌旁组织和肿瘤组织内的共生菌群，发现非肿瘤组织富含活泼瘤胃球菌（Rg）和Blautia producta（Bp）等毛螺菌科细菌，肿瘤组织富含具核梭杆菌和厌氧消化链球菌等；② 小鼠中，Rg和Bp能促进肿瘤中的CD8+ T细胞活化，抑制结肠肿瘤生长；③ 机制上，肿瘤微环境中的代谢物溶血甘油磷脂可抑制CD8+ T细胞的增殖和功能，从而促肿瘤生长，而在肿瘤中定植Rg和Bp能快速降解溶血甘油磷脂，恢复CD8+ T细胞的肿瘤免疫监视功能。
【主编推荐语】结肠组织内共生菌对肿瘤的发生和发展十分重要，然而目前更多的研究主要是致病菌的机制探索，对于肠道组织中抑制肿瘤发展的益生菌知之甚少。Cell Host and Microbe最新发表了来自中科院微生物所王硕、北京大学夏朋延、四川大学华西医院陈亿与团队的研究成果，发现在大肠癌患者中，某些毛螺菌科的共生菌——活泼瘤胃球菌（Rg）和Blautia producta（Bp）在正常和癌旁的结肠组织中富集，它们能通过降解肿瘤中的代谢物溶血甘油磷脂，促进CD8+ T细胞的免疫监视功能，从而发挥抑制肿瘤的作用。这些发现为结肠组织内共生菌群如何调控肿瘤免疫监视功能提供了新见解，具有临床转化潜力，值得专业人士关注。（@mildbreeze）
Tissue-resident Lachnospiraceae family bacteria protect against colorectal carcinogenesis by promoting tumor immune surveillance
2023-03-08, doi:10.1016/j.chom.2023.01.013
延伸阅读： 【Nature Reviews Microbiology】
结直肠癌 组织菌群 毛螺菌科 免疫监视 肿瘤微环境 CD8+ T细胞 溶血甘油磷脂 Shuo Wang Pengyan Xia Yi Chen Xusheng Zhang Dou Yu Di Wu
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人类软组织肉瘤含有与NK细胞浸润和预后相关的瘤内病毒组

Journal for ImmunoTherapy of Cancer [IF:12.469]
① 纳入15例接受新辅助放疗和手术的非转移性软组织肉瘤（STS）患者，中位随访24个月，4例（27%）发生转移，3例（20%）死亡；② 大多数肿瘤位于肢体（67%），组织学分级为3级（87%），40%为高分化/去分化的脂肪肉瘤组织；③ 所有肿瘤中可检测到少量但一致的细菌DNA(0.02-0.03%)，包括变形杆菌、拟杆菌、厚壁菌门及病毒；④ 瘤内病毒相对丰度与自然杀伤细胞（NK）浸润具有正相关性，且NK浸润与肿瘤转移、总体生存率等临床结果相关。
【主编推荐语】瘤内菌群存在于乳腺癌、肺癌、胰腺癌和黑色素瘤在内的多种癌症中，并与免疫稳态和抗肿瘤免疫反应有关，然而软组织肉瘤 (STS) 中是否存在瘤内菌群尚不清楚。近日，发表在Journal for ImmunoTherapy of Cancer上的这篇文章，发现STS患者在多个时间点存在独特且可测量的瘤内菌群，其病毒相对丰度与 NK浸润以及预后相关。（@圆圈儿）
Human soft tissue sarcomas harbor an intratumoral viral microbiome which is linked with natural killer cell infiltrate and prognosis
2023-01-04, doi:10.1136/jitc-2021-004285
延伸阅读： 【Medical Xpress】
Lauren M Perry Sylvia M Cruz Robert J Canter
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肠道菌群的胆汁酸调节及其与疾病的关联（综述）

Gastroenterology [IF:33.883]
① 游离、结合及次级胆汁酸（BA）可作为重要分子调节宿主多种生理过程，细菌特有的胆盐水解酶（BSH）可调节BA代谢，BA水平受饮食和性别影响；② 短链脂肪酸（SCFA）通过细菌发酵产生，可影响宿主基因表达及免疫反应，也可作为GPCR的配体影响宿主代谢过程，其水平受饮食种类的影响；③ BA通过FXR受体及TGR5受体调控糖稳态、脂质稳态、胰岛素信号及炎症；④ BA失调与非酒精性脂肪性肝病、IBS、结直肠癌、神经炎症和衰老等多种疾病相关。
【主编推荐语】Gastroenterology上发表的一篇综述，详细介绍了肠道菌群的胆汁酸代谢产物（尤其是短链脂肪酸）如何调控宿主的生理过程，并讨论了肠道菌群的胆汁酸代谢与多种疾病（非酒精性脂肪性肝病、IBS、结直肠癌、神经炎症、衰老等）的关联及背后机制。（@aluba）
The Gut Microbial Bile Acid Modulation and its Relevance to Digestive Health and Diseases
2023-02-23, doi:10.1053/j.gastro.2023.02.022
胆汁酸代谢 综述 Kelly A Fogelson Pieter C Dorrestein Amir Zarrinpar Rob Knight
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MMTV病毒与小鼠结肠炎的疾病程度和菌群失调相关

Microbiome [IF:16.837]
① 断奶IL-10−/−小鼠胃中MMTV病毒量与SvEv野生型相比显著增加，且测序表明与来自C3H小鼠的mv -1内源性位点和MMTV(HeJ)外源性病毒具有高度同源性；② MMTV RNA在IL-10−/−小鼠淋巴和结肠组织中的表达增加，IL-10−/−小鼠中识别MMTV的T细胞群扩增，且IFN-γ产生增强；③ 抗逆转录病毒联合治疗能够有效降低MMTV RNA，缓解IL‑10−/−小鼠结肠炎的严重程度；④ 联合治疗导致IL‑10−/−小鼠肠道菌群丰度的显著改变，对SvEv野生型小鼠没有影响。
【主编推荐语】SvEv背景的小鼠敲除IL-10可作为自发性结肠炎模型，有证据表明IL-10缺失的SvEv小鼠体内乳腺肿瘤病毒（MMTV）的病毒RNA表达增加。MMTV作为一种内源性编码的Betaretrovirus在几种小鼠菌株中流行，该病毒在母乳中作为外源性病原体传播。MMTV在发生全身感染之前，需要一种病毒超抗原在肠道相关淋巴组织中复制，那么MMTV是否会在IL-10−/−模型中导致结肠炎的发生？Microbiome近期发表的文章，发现IL-10敲除的SvEv背景小鼠抑制MMTV感染的能力降低，且伴随着结肠炎和菌群失调，而抗病毒的炎症反应进一步导致炎症性肠病的复杂性。（@章台柳）
Mouse mammary tumor virus is implicated in severity of colitis and dysbiosis in the IL-10−/− mouse model of inflammatory bowel disease
2023-03-03, doi:10.1186/s40168-023-01483-4
炎症性肠病(IBD) MMTV 菌群失调 Heather Armstrong Mandana Rahbari Andrew Mason
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国内团队：新冠病毒感染患者的肠道及上呼吸道菌群变化

Microbiome [IF:16.837]
① 收集203名疾病严重程度不同的新冠肺炎患者的521份样本，以及31名健康人的94份样本，包括咽拭子、痰及粪便样本；② 新冠肺炎患者的上呼吸道菌群及肠道菌群的组成和功能发生了变化，这些变化与疾病严重程度显著相关；③ 上呼吸道菌群及肠道菌群显示出不同的改变模式，其中肠道菌群更为多变，并与病毒载量直接相关；④ 上呼吸道菌群可能导致高风险的抗生素耐药性。
【主编推荐语】香港科技大学的吴若昊团队与北京世纪坛医院的陈晨团队在Microbiome上发表的一项最新研究结果，对新冠肺炎患者的肠道菌群及上呼吸道菌群的组成及功能变化进行了深入分析。（@aluba）
Assessment of microbiota in the gut and upper respiratory tract associated with SARS-CoV-2 infection
2023-03-03, doi:10.1186/s40168-022-01447-0
新冠病毒 研究论文 基础研究 呼吸道菌群 上呼吸道菌群 Jiarui Li Qiuyu Jing Jie Li Mingxi Hua Chen Chen Angela Ruohao Wu
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后新冠时代，探究焦虑、创伤和抑郁相关的微生物群组成

Gut Microbes [IF:9.434]
① 新冠肺炎疫情后，纳入198名受试者，17.17%呈抑郁，37.37%焦虑，40.90%特质焦虑，8.08%PTSD症状；② 患特质焦虑有较低Simpson多样性；③ 患PTSD+抑郁+状态和特质焦虑症状Fusicatenibacter saccharivorans减少，患抑郁症状出现变形杆菌的扩张和互养菌门的耗竭；④ Anaerostipes相对丰度与儿童创伤呈正相关，生命创伤个体有较高水平血尿杆菌和较低水平黏胶球形菌门；⑤ 新冠肺炎感染和疫苗接种影响总体微生物组成，与不同的相对分类丰度特征相关。
【主编推荐语】新冠肺炎大流行后，焦虑和抑郁的流行率急剧上升。Gut Microbes近期发表的文章，对新冠肺炎疫情后人们的焦虑、抑郁等心理疾病与肠道菌群的变化进行探究。结果发现，新冠肺炎感染和疫苗接种影响总体微生物组成，且与不同的相对分类丰度特征相关。（@章台柳）
The gut-microbiota-brain axis in a Spanish population in the aftermath of the COVID-19 pandemic: microbiota composition linked to anxiety, trauma, and depression profiles
2023-01-18, doi:10.1080/19490976.2022.2162306
心理疾病 新冠肺炎疫情 Stefanie Malan-Muller
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嗜酸性粒细胞性哮喘患者肠道菌群组成有何特征？

Allergy: European Journal of Allergy and Clinical Immunology [IF:14.71]
① 纳入28名嗜酸性粒细胞性哮喘患者（EA）、18名健康对照及13名慢性咳嗽患者，采集粪便并进行16S测序，评估嗜酸性粒细胞性哮喘患者的肠菌特征；② EA组中毛螺菌科和颤螺旋菌科相对丰度显著降低，拟杆菌门增加，2型炎症及肺功能下降指标与毛螺菌科负相关，而与肠杆菌科和普氏菌属正相关；③ EA组中与氨基酸代谢和次级胆汁酸合成相关基因丰度降低，可能与肠道通透性有关（EA组患者血清LPS浓度较高）；④ 1个月后症状改善的EA患者肠菌无明显变化。
【主编推荐语】越来越多的证据表明，肠道菌群与哮喘有关，然而，成人哮喘患者肠道菌群的改变尚未得到很好的证实。近日，韩国釜山大学研究人员在Allergy: European Journal of Allergy and Clinical Immunology发表最新研究，纳入28名嗜酸性粒细胞性哮喘患者（EA）、18名健康对照及13名慢性咳嗽患者，采集粪便测序，调查有症状性嗜酸性粒细胞炎症的成年哮喘患者的肠道菌群有何特征，发现这类患者的肠道菌群发生改变，多种物种与血液嗜酸性粒细胞增多和肺功能下降有关，总之，该研究进一步强调了肠肺轴在哮喘相关疾病中的重要性，也为未来制定合理策略提供了新思路，值得关注。（@九卿臣）
Adult asthma with symptomatic eosinophilic inflammation is accompanied by alteration in gut microbiome
2023-02-27, doi:10.1111/all.15691
哮喘 肠道菌群 研究论文 基础研究 2型炎症 肺功能下降 扩增子测序 肠道通透性 嗜酸性粒细胞性哮喘 Bon-Hee Gu Jun-Pyo Choi Myunghoo Kim Han-Ki Park
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陈烨等：黑斑息肉综合征患者肠道菌群有何特征？

Microbiology spectrum [IF:9.043]
① 纳入168名黑斑息肉综合征患者（PJS）和68名同住的健康家庭成员，采集粪便并测序，发现两组间肠道菌群β-多样性存在显著差异；② PJS患者粘液蛋白降解菌和大肠杆菌增多，产丁酸和乳酸菌及普氏栖粪杆菌等共生菌减少，其中肠套叠患者的普氏栖粪杆菌丰度更低；③ PJS患者的丙酸盐代谢丰度富集，在肠套叠患者中更加显著富集，大肠杆菌是该代谢途径富集的主要因子，与甲基乙二醛合成酶（mgsA编码）和磷酸乙酰转移酶（pta编码）的异常表达相关。
【主编推荐语】黑斑息肉综合征又称普杰综合征（PJS），是一种罕见的以肠息肉病为特征的遗传性疾病，肠套叠是其最急迫的并发症之一。虽然已知肠道菌群失衡与肠道疾病高度相关，但肠道菌群在PJS发病机制中的作用尚未见报道。近日，南方医科大学深圳医院陈烨及团队在Microbiology spectrum发表最新研究，纳入168名PJS患者和68名同住的健康家庭成员，发现PJS患者肠道菌群结构和健康人存在较大差异，多种潜在致病菌的丰度显著增加。此外，患者还存在丙酸盐代谢增加以及mgsA和pta表达异常。总之，该研究为未来靶向肠道菌群干预胃肠道息肉病提供了新的见解，值得关注。（@九卿臣）
Changes in the Gut Microbiome Associated with Intussusception in Patients with Peutz-Jeghers Syndrome
2023-01-31, doi:10.1128/spectrum.02819-22
黑斑息肉综合征 肠道菌群 研究论文 基础研究 丙酸盐代谢 肠套叠患者 大肠杆菌 人群对照 胃肠道息肉病 Ye Chen Zhiqing Wang Liping Liang Le Liu
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南方医科大学：Akk菌外膜蛋白Amuc_1100缓解肥胖新机制

Microbiology spectrum [IF:9.043]
① 在小鼠体内，外源口服添加Akk菌外膜蛋白Amuc_1100可重现Akk菌对高脂饮食引起的肥胖的缓解作用，促进白色脂肪褐变；② Amuc_1100可抑制前脂肪细胞3T3-L1中脂肪生成和脂质积累的能力；③ Amuc_1100改善3T3-L1细胞中的产热和脂解基因表达，促进白色脂肪细胞向棕色脂肪细胞的转化；④ Amuc_1100通过AC3/PKA/HSL途径加速脂肪分解，并在Ser660处磷酸化HSL，进而促进脂肪分解。
【主编推荐语】白色脂肪堆积引起的脂质代谢紊乱是肥胖的一大特征，已有研究揭示Akk菌可减少脂肪储存并促进白色脂肪细胞褐变，从而缓解脂质代谢紊乱，然而其中关键作用成分仍不明确。南方医科大学研究人员在Microbiology spectrum发表最新文章，发现Akk菌的外膜蛋白Amuc_1100在分化过程中减少脂滴的形成和脂肪积累，并在体内和体外刺激褐变。该研究提示源自Akk菌的Amuc_1100有潜力成为减轻肥胖和代谢紊乱的治疗方法。（@RZN）
Membrane Protein Amuc_1100 Derived from Akkermansia muciniphila Facilitates Lipolysis and Browning via Activating the AC3/PKA/HSL Pathway
2023-02-27, doi:10.1128/spectrum.04323-22
Amuc_1100 脂肪分解 脂肪褐变 研究论文 基础研究 灭活的AKK菌 肥胖 Xifen Zheng Wenting Huang Qianbei Li Xiaojing He Zihao Ou Yongzheng Peng
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JAMA子刊：质子泵抑制剂可增加耐药肠杆菌感染风险

JAMA Network Open [IF:13.353]
① 纳入2239例住院患者，其中374例检出产超广谱β-内酰胺酶或碳青霉烯酶肠杆菌阳性（耐药菌组），另1865例阴性患者为对照组；② 检测前30天内使用质子泵抑制剂（PPIs）使耐药菌阳性风险增加48%，与使用剂量相关，但与患者本身疾病的严重程度（手术与否、住院时间）无关；③ 已知影响肠道菌群的药物（抗生素、泻药、免疫抑制剂等）均未显示与PPI存在累加作用；④ 另一前瞻性队列分别纳入阳性、阴性患者94例，PPIs使用增加耐药菌阳性风险196%。
【主编推荐语】细菌对广谱β-内酰胺和碳青霉烯类抗生素的耐药性正在造成日益严重的公共卫生问题。有证据表明，质子泵抑制剂（PPIs）可能增加耐药细菌的定植风险，但相关证据可能被生活方式、疾病等因素混淆，与使用剂量的关系也不清楚。荷兰阿姆斯特丹大学医学中心研究人员近日在JAMA Network Open发表一项巢式病例对照研究的结果，确认PPIs的使用是成年住院患者超广谱β-内酰胺酶或碳青霉烯酶肠杆菌感染的独立风险因素，为合理控制PPIs使用提供了依据。（@芥末）
Association of Proton Pump Inhibitor Use With Risk of Acquiring Drug-Resistant Enterobacterales
2023-02-23, doi:10.1001/jamanetworkopen.2023.0470
多重耐药肠杆菌 研究论文 巢式病例-对照研究 质子泵抑制剂（PPI） 超广谱β-内酰胺酶或碳青霉烯酶肠杆菌 Roel P J Willems
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